台湾的入联公投引发争议，政府高层拟议提出第三项较为中性的公投案，以取代入联和返联公投。
台湾民进党的入联公投主张以台湾的名义加入联合国，被视为台独公投，受到到美国和中国的强烈反对。中国时报星期二报导，台湾政府高层拟议提出公投第三案来取代入联公投和返联公投，内容可能采用‘我们是主权国家，非中华人民共和国一省，有权加入联合国’的温和措辞。
报导说，王金平与陈水扁会面之后，代表陈水扁向国民党主席吴伯雄报告公投第三案的内容，目前等待国民党的回应。王金平认为如果朝野都能接受第三案，入联公投和返联公投就能脱钩。
*谢长廷重申支持入联案*
民进党总统侯选人谢长廷2月20号表示，他与陈水扁讨论了公投第三案。他没有表达对此提案的看法，仅重申支持原本的入联公投案。谢长廷也对国民党提出的返联公投表示支持。他说：“陈总统转达王金平院长的看法，看立法院能不能提出一个新的案。基本上我和总统报告，我还是希望以入联案为主，但是我们包容尊重国民党的中华民国返联案，我们要求支持者两张票都拿。”
国民党发言人陈淑容表示，国民党已经提出了返联公投，因此不支持公投第三案：“第三案我们不会接受，因为我们自己已经提出了返联的诉求，如果我们再提第三案不就是否决我们之前提的返联吗?”
*国民党再批公投绑大选*
国民党主席吴伯雄星期三在中常会上再度抨击公投绑大选。吴伯雄说，国民党会在适当的时机在立法院通过决议案，要求立法院决议公投和大选分开举行。
自由时报报导说，如果两党达成共识，立法院就可以在星期五提出公投第三案。台湾公投法规定，立法院发动的公投必须在选前30天提出。台湾总统大选将与3月22号举行。
国民党秘书长吴敦义对公投第三案的议题提出了两项前提，他要求公投和总统大选脱钩，民进党更要放弃入联公投。
*民进党鼓励选民支持两公投*
民进党鼓励选民同时支持入联公投和返联公投，有分析认为民进党希望借由提高选民领票率，使得入联公投获得通过。
国民党对于公投仍然没有表态。国民党在立委选举前呼吁选民拒领公投票，导致两项公投无法通过。国民党发言人陈淑容表示，目前还没有考虑到是否杯葛公投，也不会只杯葛入联公投。她说未来国民党将持续推动返联公投。
辅仁大学法律系副教授吴瑞国分析说，台湾人民加入国际社会的期望高，加上不愿让对手以此攻击国民党的总统候选人，因此国民党将难以抵制公投。他说：“现在对于国民党来讲绝对不乐见在这个政治敏感度高的议题上又配合领导人的选举，有给人感觉对台湾未来的外交和国际空间有任何不是很积极，不是很肯定台湾自我价值和定位的做法。这是非常重要的考量。而且基层有这么多人连署返联公投，他们对于基层的声音要给予尊重。”
辅仁大学法律系副教授吴瑞国指出，为了避免入联公投同时通过，国民党未来必须要进行精细的宣传，并且在选务工作上明白区分两项公投案。他说：“如果两案并陈，同一时间举行，要让蓝的支持者都去领返联公投，绿的支持者都只领入联公投，这是两个政党共同在文宣、组织动员上操作的重点。”
