2007年美台之间最引人瞩目的焦点应该说是有关入联公投的争议，尽管美国官员多次表达了反对立场，台湾当局依旧坚持入联公投势在必行。入联公投的争议对美台关系带来什么样的影响？将在明年产生的美国与台湾新总统又该如何修补双边受损的关系？
2007年7月19号台湾总统陈水扁向联合国秘书长潘基文致函，正式以“台湾”名义申请加入联合国。11月28号，民进党版的入联公投提案得到272万份联署书，送进中央选举委员会，也象征明年3月22号的入联公投已经没有回头路。
*美对入联公投批评不断升级*
但是，美国对入联公投的批评并没有因此消失。包括副国务卿内格罗蓬特、白宫国安会亚太资深主任韦德宁、副助理国务卿柯庆生、美国在台协会台北办事处处长杨苏棣，以及美国在台协会理事主席薄瑞光都先后公开发表反对声明。12月21号，反对层级升高到国务卿赖斯，赖斯在年终记者会上批评台湾的入联公投是挑衅，而且会造成两岸紧张无谓地升高。
面对美国持续的批评与质疑，台湾官方则以入联公投是民意所趋，绝不是改变台海现状做回应，台湾驻美代表吴钊燮更直接表示，入联公投不是法理台独。
吴钊燮说：“这项公投并不是要宣告台湾的法理台独，也不是要改变台海现状。相反地，这是要让台湾人民行使民主权力，来决定台湾在国际社会扮演什么样重要的角色。”
*分析：入联公投为民进党政治手段*
美国前副助理国务卿薛瑞福认为，除了彰显台湾民意以及深化民主等象征意义，入联公投也是民进党政府的一种政治手段。
他说：“他们希望在民进党与中国大陆以及与国民党间制造一些紧张，过去操弄这种紧张局势，对民进党来说是有利的。我们想到1996年导弹危机以及2000年中国总理朱熔基用手指警告台湾所引发的反应，都转化为对泛绿阵营有利的政治效益。”
薛瑞福表示，入联公投也点明台湾人民日益升高的国家认同已经不容忽视，台湾需要与美国详细讨论这个议题，而美国基于对台湾的安全义务以及台湾关系法，也需要给予台湾一个妥善的答覆。
*分析：台湾陷入国家认同恶性循环*
但是，美国约翰.霍普金斯大学国际研究所教授卜道维指出，台湾越是强调国家认同，就越容易受到中国的打压。
卜道维说：“台湾越强调国家认同，中国就挤压台湾在国际的生存空间，台湾就更有理由激烈争取国际空间，形成一种恶性循环。”
卜道维表示，90年代初，台湾的一些努力还达成了结果，包括加入亚太经济合作论坛(APEC)以及世界贸易组织(WTO)，但是入联公投对台湾没有好处，只会让这种恶性循环更严重。
*分析：入联公投伤害美台关系*
华盛顿的尼尔森报导的总编辑克里斯.尼尔森认为，入联公投对美台关系的伤害是无庸置疑的。
他说：“入联公投的影响在各个层面都看得到，从美国总统到国安会，到国务院主管两岸事务的官员，入联公投被认为是一个最新的例子，显示台湾当局推动违反国际现实，且不顾美国利益的行动。”
尼尔森表示，随着公投日期的逼近，布什政府以及关心台湾的友人都在担心，一场两岸危机正在酝酿，这是大家所不乐见的。
民进党驻美代表联络员彭光理则表示，台湾现阶段加入联合国是不可能，但是不能因此就放弃台湾的生存权利。
他说：“台湾民众希望人们将他们与中国区隔开来，台湾不是中国的一部分，这才是入联公投的深层重要性。没错，这是选举手段之一，但也是有关台湾该往哪里走的一种战略愿景。”
分析人士认为，面对台北举行公投的决心不动摇，华盛顿虽然不断提高批评的层级，但已经将希望寄托在未来的台湾新总统身上。
约翰.霍普金斯大学教授卜道维表示，如果国民党候选人马英九当选，而民进党版的入联公投通过，问题应该不大，因为马英九并不赞同入联公投。相反地，如果民进党候选人谢长廷胜选，而入联公投也获得通过，北京和华盛顿将面临一个比较复杂的局面，尽管外界普遍认为谢长廷在两岸政策上比较开放务实，但入联公投将成为谢长廷与北京改善关系的一个障碍。
在民进党推动入联公投后，台湾总统陈水扁8月出访拉丁美洲时只能在美国阿拉斯加做短暂停留，而台湾向美国购买F-16战机的计划也被美方暂时搁置。
*分析：美台未来领导人需要修补关系*
尼尔森报导的编辑克里斯.尼尔森认为，尽管陈水扁政府尽一切努力，说明入联公投的动机与意义，布什政府就是不买帐，未来的台湾新总统将要担负起修补美台互信的重要工作。
他说：“台湾新总统的任务与美国在亚洲其他盟邦的领导人一样，就是让双边政府的政策相互配合，这一点目前的陈水扁政府并没有做到。未来新总统的工作就是要重建美台互信的桥梁，跳脱这些争议或原则。”
美国前副助理国务卿薛瑞福则抱持比较乐观的看法。薛瑞福认为，2008年选出的美国与台湾总统将拥有更多机会来改善双边关系。
他说：“我认为有许多方面也有许多机会可以做。双方可以加强经济关系，安全关系，在国际间共同推动民主工作。我认为，双方领导人可以推动更正面的议题，让美台双方能合作的议题，如果新总统能有这样的愿景，将有助于双边关系。”
台湾将在明年3月22号举行总统大选，同时合并举行民进党的入联公投以及国民党的返联公投。
