有关公投是否应该和立委或总统选举一起举行，以及投票的方式是应该采取一阶段还是二阶段等问题，持续在台湾政坛引发争议，蓝绿双方仍然是僵持不下。
台湾中央选举委员会秘书长邓天佑日前在立法院司法委员会表示，虽然中选会已经决议采取一阶段投票，但是，如果仍然有人采取二阶段投票的话，应该还是有效的。
*中选会主委否定秘书长说法*
这番话在台湾政坛引发了非常多的反应，中选会主委张政雄星期二澄清说，这只是邓天佑的个人意见，并不是中选会的意见。他还表示，地方选委会如果坚持采取二阶段投票，将涉及刑法第153条煽惑他人违背命令或抗拒合法命令，可处2年以下有期徒刑。
张政雄还表示，如果泛蓝执政的县市仍然执意采取二阶段投票的话，中选会将在投票日之后的一星期内，召开会议确认选举是否有效。
台湾总统陈水扁也再次强调，中选会一定会贯彻执行一阶段投票的决议，不会发生一国两制的情形。
他说：“如果有人要对抗中央，这是违法的，无效的，也就是说，二阶段是违法的，是无效的。”
不过，国民党总统参选人马英九则表示，二阶段投票本来就是合法的，3年多前总统选举也是这样举办的。
坚持二阶段投票的国民党籍台北市长郝龙斌更指出，他不会有任何顾虑，因为台北市选务的规划，是市选委会的职掌，台北市政府将依法依规定办理。
郝龙斌说：“不仅不会有任何的处罚，不会有任何的刑责，而且我们会从优奖励。”
事实上，国民党不少立委日前还发起了公投和大选分开举行的联署，也获得立法院长王金平的公开支持。国民党主席吴伯雄批评，民进党政府已经把中选会变成了御用的选举工具，用公投绑大选、乱大选，最后可能毁掉大选。
国民党执政的台北县选委会主委邓民治表示，台北县仍然会依照原先规画的二阶段投票办理选务，他认为选举有效无效的争议，应该在选前就决定，不应该拖到选后再来研究。
*分析：政党故意激化矛盾*
淡江大学公共行政学系教授施正锋认为，按照蓝绿双方目前各不相让的情况来看，应该都是选举考量，所以到时投票的确有可能出现一国两制，甚至一国多制的情形。
他说：“我觉得两边是故意激化，然后来冲政党的不分区票，其实这种冲突应该是可以处理的，不管是一阶段，二阶段，一国多制都是可以处理的。”
