1950年3月，几乎在土改运动的同时，中共中央发出《关于严厉镇压反革命分子活动的指示》，开始了“镇压反革命运动”。
1950年10月8日，中国正式宣布派遣军队进入朝鲜半岛，与美国为首的联合国部队展开直接军事对抗，开始了所谓的“抗美援朝”战争。这也为毛泽东大力开展“镇反运动”提供了机会。
毛泽东对公安部长罗瑞卿说：“你们不要浪费了这个时机，镇压反革命恐怕只有这一次，以后就不会有了。千载难逢，你们要好好运用这个资本。”毛泽东强调说：“不仅是为了杀几个反革命，而更主要的是为了发动群众。”
时事评论家陈破空说：“在古代的更替朝代中往往是因为反抗，因为战争行为而出现杀戮。为了征服而去屠杀。为了镇压反抗而去屠杀。但是共产党这个时候的屠杀是要消灭阶级。但是它同时呢，它又感觉到这样做呢基本上是不人道的，反人性的，甚至是跟民众作对的。在这个时候他们就强调说乘这个机会，土改的机会也好，乘老百姓热情高涨的机会，或者是乘朝鲜战争，对外战争的机会也好，乘机杀人。为什么他们会认为杀了人影响不好呢？因为杀多了之后，不仅是外部的反映是非常的负面，非常的不好，引起老百姓的忿恨，在内部也造成一些分歧。那么为了弥平内部的分歧，毛泽东也好，刘少奇也好，通过这种说法，借某种风潮，借某种战争，借某种机会来进行屠杀，也好消除内部的分歧。”
原来，“镇反”开始不久，一些地方，如山东、湖南、河南等省就出现了乱杀乱捕问题。有些中共地方大员主张收敛。如当时的中共湖南省委书记黄克诚提出，对解放后并无罪恶的湖南起义军官“不宜采取急躁处理办法，除其中个别特别反动的分子应逮捕惩治外，不宜逮捕过多”，否则将引起极大惊恐。
他发电报给中共中央，提出“拟即收缩，停止大捕杀，转入正常工作”。毛泽东批示：“即照黄电意见处理为宜。”中共中央在批示中共华东局一份报告时说：“如果一个地方已经杀得不少时，则可适时略为放松一点，即大批处决人犯的时间延长一些，缓和一下社会各界紧张的空气。”
不过，毛泽东一时收敛是因为他感到时机尚未成熟。
北京之春杂志主编胡平说：“他们相信的是两个东西。一个东西，他们知道，必须要大规模的镇压才能确立新政权的威信、权威，以至于没有人敢于挑战。 从这一条来说，就需要大开杀戒。但另一方面，它也知道，对外来说，多杀人总是一件不好的事情。 所以呢，对外总要加以掩饰。因此他们就觉得，没有一个合适的借口，一个恰当的时机，要杀人太多总是不太好的事。那么因此，抗美援朝的事一起来，他觉得正是一个很好的时机，就可以大肆地杀人。”
中共领导人刘少奇后来也承认：“抗美援朝很有好处，使我们的很多事情都好办(如搞土改、订爱国公约、搞生产竞赛、镇反等)。因为抗美援朝的锣鼓响起来，响得很厉害，土改的锣鼓、镇反的锣鼓就不大听见了，就好搞了。如果没有抗美援朝的锣鼓响得那么厉害，那么土改(和镇反)的锣鼓就不得了了。这里打死一个地主，那里也打了一个，到处闹，很多事情不好办。”
1950年10月10日，在中共中央正式宣布出兵朝鲜半岛两天之后，在毛泽东主持下，中共中央发出《关于纠正镇压反革命活动的右倾偏向的指示》，也被称为“双十指示”。指示说：“在镇压反革命问题上，发生了严重的右的偏向，以至有大批的首要的、怙恶不悛的、在解放后甚至在经过宽大处理后仍然继续为恶的反革命分子，没有受到应有的制裁。”
尽管在指示中提到要“镇压与宽大相结合”，“首恶必办，胁从不问，立功者受奖”，但是指示的重点在于纠偏，在于防止漏掉反革命分子，防止“宽大无边”，而不是防止冤枉好人。
1950年12月，刘少奇在给川东区党委的批示中指出：“匪特分子，包括首要分子在内，既已向我自新投诚，不再进行反革命活动，即使过去负有血债，亦不应杀。”但是毛泽东将这个批示改为：“如果血债重大，群众要求处以死刑，并估计情况在处死之后比较不处死更为有利时，亦可以处以死刑。”
到了1951年1月，中国志愿军在朝鲜战场上进展顺利，毛泽东的底气更足了。他指示各地要“大杀几批”，并且特别对大城市的杀人行动发出具体的指示说：“各大城市除东北外，镇压反革命的工作，一般地来说，还未认真地严厉地大规模地实行。从现在起应当开始这样做，不能再迟了。这些城市主要是北京、天津、青岛、上海、南京、广州、汉口、重庆及各省省城，这是反革命组织的巢穴，必须有计划地布置侦察和逮捕。在几个月内，大杀几批罪大有据的反革命分子。”
毛泽东还给一些地方下达具体的杀人指标。1951年1月21日，毛泽东在给上海市委的电报中说：“在上海这样的大城市，在今年一年内，恐怕需要处决一、二千人，才能解决问题。在春季处决三、五百人，压低敌焰，伸张民气，是很必要的。南京方面，请华东局指导该市市委好好布置侦捕审讯，争取在春季处决一、二百个最重要的反动分子。”
第二天，1月22日，毛泽东对中共华南分局广东省的负责人说：“你们已杀了三千七百多，这很好。再杀三四千人。......今年可以杀八九千人为目标。”
这一年的2月，在毛泽东建议下，中共中央开会讨论杀人比例问题，“决定按人口千分之一的比例，先此数的一半，看情形再作决定”。当时的中国人口是5亿5千万，千分之一的一半就是27万5千人。
毛泽东对上海市和南京市的负责人说：“上海是一个600万人口的大城市，按照上海已捕二万余人，仅杀200余人的情况，我认为1951年内至少应当杀掉罪大的匪首、惯匪、恶霸、特务及会门头子3000人左右。而在上半年至少应杀掉1500人左右。......南京方面，据2月3日柯庆施同志给饶漱石同志的电报，已杀72人，拟再杀150人，这个数目似太少。南京是一个50万人口的大城市，国民党的首都，应杀的反动分子似不止200多人。”、“南京杀人太少，应在南京多杀。”
2月17日，在公安部长罗瑞卿的亲自指挥下，北京市一个晚上逮捕了675人，第二天公开处决了58人。3月7日晚上又逮捕了1050人，在3月25日处决了199人。
3月，天津市向中共中央提出一份计划，准备在已经处决150人的基础上，再处决1500人。毛泽东大喜，马上指示各地效法。本来并不希望多杀人的上海市委只好加大力度，向中共中央表示要在已经逮捕1068人和处决100多人基础之上，再逮捕1万人，处决其中的3000人。先“杀两千后再视情况决定”。此后，上海加大“镇反”力度，仅1951年4月27日一天就逮捕了8359人。每隔几天就处决一批人。例如4月30日处决了285人；6月15日处决了284人。到11月初，上海一共处决了大约2000人。
在毛泽东亲自策划和指挥下，这场“镇反”从一开始就带有明显的滥杀倾向。例如，中共1950年3月开始“镇反运动”，但是直到7月23日，政务院和最高人民法院才公布《关于镇压反革命活动的指示》。直到1951年2月21日，也就是在镇反运动已经开始将近一年以后，在数万、甚至数十万人已经人头落地以后，中国政务院(国务院)才颁布《中华人民共和国惩治反革命条例》，告诉民众谁是“反革命”。
条例列出12类反革命，包括勾结帝国主义背叛祖国者，策动、勾引、收买公职人员，武装部队或民兵叛变的首要分子和情节重大的参与者，持械聚众叛乱的主谋者、指挥者及其他罪恶重大者，参加特务或间谍组织者，利用封建会门进行反革命活动者，以反革命为目的抢劫、破坏公私财物者，受国内外敌人指使扰乱市场或破坏金融者，伪造公文证件者，进行反革命宣传鼓动、制造和散步谣言者，以反革命为目的偷越国境者，窝藏包庇反革命罪犯者等。
这个反革命的定义范围很宽，罪行界定没有严格的客观标准，并且规定这些反革命都可以处以死刑。这毫无疑问给过度执法、冤枉无辜打开了大门。
为了落实杀人指标，毛泽东还指示下放批准杀人的权限。1951年2月5日，中共西北局报告说，“执行镇反计划，一定求稳，批准杀人一律在省上。”毛泽东却批示说：“其判死刑者则经专署批准执行”即可。实际上，杀人的审批权后来更进一步下放。
时事评论家陈破空说：“它划了比例，它是要按比例来杀人。在城市中要杀，在乡村也要杀。他把所有的，不仅是说少数有反抗的，而绝大多数哪怕是说了一句闲话的、表示一句不满的、甚至是有一点脸色的、甚至是因为跟基层干部有矛盾的，都作为屠杀的对象。而这种镇反呢，到了基层以后，是由县、乡两级说了算，甚至是由一些工作组说了算。所以最后是乱杀、错杀。甚至于中共的公安部长罗瑞卿在镇反之后，到了53年，他自己在内部报告中都承认，他说，90%以上是错杀。他说，很多地方是夸大敌情，无中生有。”
毛泽东尽管也说过“不可捕错杀错”，但是他更重视的显然是完成杀人指标。为此，他甚至批准有些地方超过指标杀人。有些地方生怕跟不上中央的步调，争先恐后大开杀戒。广西柳州专区要求杀人口的千分之五，贵州省委要求杀千分之三。连毛泽东都感到过火了。但是毛泽东并没有因此怪罪他们，更没有因为下边杀人超过千分之一的指标而处罚任何官员，而是以商量的口吻请他们少杀一些。
毛泽东和手下的官员在杀多杀少问题上“讨价还价”。无数的生命就在他们的交易之中进进出出生死簿，多少人也因此成了他们的刀下冤魂。
仅中共广西省委和公安厅当时统计，在处决的人当中，可杀可不杀的人占了30%左右。
1950年12月，中共领导人刘少奇曾经在高级干部会议上指示说：“如果每杀一人都要报导，在报纸上过多的宣传杀人，亦恐产生副作用，如可能使某些人怀疑我们‘杀人过多’、‘行动过火’等。”
但是在1951年3月30日，毛泽东修改了这个指示。他说：“很多地方，畏首畏尾，不敢大张旗鼓杀反革命。这种情况必须立即改变。”于是，各地纷纷举行声势浩大的公审大会，当场宣判，然后压赴刑场处死，有些人甚至就地处死。中国的媒介也予以大力报导。
北京大学教授、中共党史研究专家杨奎松在《新中国“镇压反革命”运动研究》一文中说：“不讲证据，滥捕滥杀的现象相当普遍。”、“全国范围出现处决人犯失控的现象，显而易见还是与毛泽东的全力推动分不开的。”
对于毛泽东大规模杀人的结果，北京之春杂志主编胡平评论说：
“当然是强化了它的政权，使得那些人不要说从事任何反抗，连那个心都不敢有了。彻底摧毁一切反抗、反对者 、或者那种潜在的反对者那种反抗的意志，使你觉得根本就不可能。我想如果是没有早期镇反、土改那种残酷血腥，那你所谓‘大饥荒’年代的农民、中国人可能就未必会那么顺从。虽然‘大饥荒’一来，你贫下中农照死不误，但是那些农民为什么他们都不敢起来反抗？ 他们就是从以前的历次运动中就已经知道，共产党是惹不起的。 所以他们并不因为当时整的是地主富农，噢，你是贫下中农，还是党的依靠力量，你就觉得被整是别人的事，你就没有恐惧感。一样的。所有的人都有这种恐惧感。”
根据中共中央1951年5月底公布的数字，当时全国已经捕人150万，已杀50万，基本达到了毛泽东要杀掉全国人口千分之一的目标。于是，毛泽东指示全面收缩。1951年5月10日，中国公安部长罗瑞卿根据毛泽东的指示召开了第三次全国公安会议，承认镇反运动“后期有若干地方发生了简单粗糙现象，可杀可不杀的杀了一些，可捕可不捕的捕了一些”。毛泽东说：“镇压反革命，右倾比左倾好。右了你说纠正，明天就可以起来，容易纠正；左了以后就不好办。”、“杀人不能太多，杀得太多了，丧失社会同情，丧失了劳动力。”
此时，毛泽东把自己下放的杀人权力又收了回来。他亲自监督修改制定的这次会议的决议说：“关于杀反革命的数字，必须控制在一定的比例以内。将捕人批准的权限由县一律收回到地委、专署一级，将杀人批准权由地、专一律收回到省、自治区一级。”、“凡是介在可捕可不捕之间的人一定不要捕，如果捕了就是犯错误；凡是介在可杀可不杀之间的人一定不要杀，如果杀了就是犯错误。”
毛泽东在给一些地区负责人的电报中要求他们特别注意捕人杀人失控的情况。在给华南分局的电报中他说：“从6月1日起停止捕人4个月，集中力量清理积案，总结经验，教育干部。”
但是杀戮在惯性作用之下并没有停止。从1951年5月到1953年秋季镇反运动结束，又有20万人被杀。
杀人如麻的目的不仅在于杀掉潜在的敌人，而且在于让整个国家惧怕共产党。
陈破空说：“最后，经过这些‘三反五反’、镇反、土改、土改复查之后，全国可以说是鸦雀无声、人人戢声，人人都恐惧共产党。这种恐惧感一直到今天都还深植在中国老百姓的骨髓之中。这种恐惧的结果就是：中国老百姓认为共产党的独裁是理所当然的；当局是可以放手镇压的；民众是只能小心翼翼的。当民众说了话，做了事，受到了当局的镇压的时候，民众往往认为是自己的错，往往是自己没有跟上政府的步伐。”
胡平也指出，以后的中国人逐步习惯了共产党残酷的统治方式。
胡平说：“最大的负面就是使人慢慢地习惯这种残酷。而且可以习惯到这个地步，以至于这么多人会相信，如果没有这种残酷，社会就乱了，就不行了。他都会相信到这个程度。就像现在很多人都知道共产党是个压迫性政权，但是说，哎呀，要是没有那么压迫性的政权，那中国就乱套了。 他都可以相信到这个程度。这种大规模不间断的镇压可以使人们对这种理性的、正常的人际关系、正常的秩序完全失去信心。”
中共当时估计反革命分子有200多万人。根据中共的说法，镇反运动一共杀、关(劳改)、管(群众管制)各类反革命分子300万人左右。中国公安部副部长徐子荣1954年1月在一份报告中说，共逮捕了262万人，其中杀了71万2千人，是全国人口的千分之1.31；判刑劳改129万人；管制120万人；教育释放了38万人。按照这个说法，中共“镇反”杀人突破了原定的人口千分之一的指标，大大超额完成任务了。
而实际处决的人很可能还远不止这个数字。北京大学教授、中共党史研究专家杨奎松写道：“如果注意到1951年4月下旬毛泽东及时刹车并委婉批评一些地方太过强调多杀，以至有些地方明显地出现了瞒报的情况，故实际上全国范围实际的处决人数很可能要大大超过71.2万这个数字。”
有人估计，镇反运动中实际处决的人数在100万到200万人之间，甚至更多。
“镇反运动”时住在北京的遇罗文说：“我觉得就是一场大屠杀，而且是毫无意义的大屠杀。对毛泽东来说，可能他认为有意义，他觉得这样他统治才方便。这种惨无人道的行为一点意义都没有，一点必要性也没有。”
