尽管美国表示反对，不过，台湾总统陈水扁表示，仍然将持续推动入联公投，而这对美台关系将造成什么影响？台湾蓝绿阵营对此发表了不同看法。
台湾总统陈水扁日前接受美国华尔街日报专访时指出，尽管美国一再警告入联公投就是走向台独、改变现状，不过，陈水扁则把美国的批评视为善意，但是，他也告诉美国政府，明年3 月之后，什么事情也不会发生，纵使入联公投过了，一切还是会回到原点。
另一方面，国民党总统参选人马英九则表示，恐怕等不到明年3 月，美台关系就会降到低点，这将不利于台湾的长期发展，他说，民进党总统参选人谢长廷应该很了解。
马英九说：“我觉得，感觉最深刻的应该是谢长廷先生，因为他7 月去美国的时候，见过面的高级官员都向他表达了这样的看法，而且用非常强烈的语气。”
曾经担任外长的国民党立委蒋孝严认为，陈水扁这样的谈话是不负责任，他指出，美方接连警告的话说得很重，陈水扁可能是因为英文不好，透过翻译，所以不了解美方强硬的态度，他建议陈水扁应该加强英文能力。
台湾联合报还报导，了解美台沟通情形的绿营人士透露，美台高层沟通的管道已经暂时中断，台湾的说客都无法见到想见的人，双方的国安高层对话也暂时中止。
不过，行政院秘书长陈景峻则表示，这项报导是无稽之谈，因为美国是台湾最重要和最好的友邦，美台关系保持得非常好，沟通管道也很顺通，只是在入联公投的议题上，美国没有倾听台湾人民的声音。
泛绿的台联党立委何敏豪也认为，美台关系要看各个方面的情形，不能只以美国反对入联公投来判断。
何敏豪说：“台美关系不是只靠陈水扁总统维持，台美关系还有很多方面的合作，最主要是军事合作，经济领域的合作，世界贸易的合作，在各方面的文化，经济，经贸，区域安全，环保等议题，美台之间的合作关系非常紧密。”
台湾外交部发言人王建业表示，关于入联公投一事，美台之间的沟通管道并没有中断，台湾驻美代表吴钊燮和美方仍然保持著沟通。
不过，针对美国高层官员近来持续的严厉批批评联公投，目前人在美国的台湾新闻局长谢志伟则指出，即便是台湾的友人，美国也不可以管台湾的内政，他说，美国在这个节骨眼上的说法，让人想起戒严时期所遭受到的压迫。
