美国对陈水扁政府提出的“入联公投”表示严重关注和反对之后，台湾蓝绿阵营对此做出不同反应。
国民党总统候选人马英九星期三表示，陈水扁总统推动的“入联公投”，因为冒进躁进，才导致美方的不满和反对。
马英九说：“绝对不能冒进躁进，欲速则不达。不要以为台湾如何采取冒进路线，美国人都会照单全收。”
国民党政策会副执行长兼大陆事务部主任张荣恭指出，陈水扁提出的“以台湾名义加入联合国”的入联公投，有双重涵义，一是改变了台湾的国号，另外一个是台湾独立。他说，这两个意涵对两岸的冲击很大，致使美国把陈水扁政府的举动定性为走向台独的一步，这是过去7年多来美国对民进党政府所有台独动作，最明确、最严厉、最反对的一次定性。
他说：“美国和中国大陆在这个问题上的看法取得了共识，现在就是看民进党政府如何因应。如果他们要强行前进的话，不是美国出面强力的制止，就是导致北京的直接出手。”
张荣恭说，美国反对下的台独行动，将使台湾单独面对中共。如果北京直接出手，势必会对两岸的和平造成严重的破坏。
国民党立法院党团书记长郭素春更是痛批民进党的入联公投，把台湾引向台独、引向战争，才导致美国坚决反对。
她说：“民进党的入联公投是搞台独的公投，是不管台湾人民死活的公投，是要把台湾推向独立的公投。”
民进党提出的“入联公投”遭到美国反对之后，民进党总统候选人谢长廷发言人表示，暂时不便对此做出回应。不过，副总统参选人苏贞昌则表示，台湾应跟美国这个好朋友多沟通和了解，让入联公投有个好的结果。
他说：“这是我们最重要的朋友，也是老朋友，尤其是民主国家的大国。对于公投这个民主呈现，怎么样做才是最好，彼此经由多沟通来化解误会。”
民进党立法委员萧美琴指出，美国明确表达对“入联公投”的反对立场，虽然令人遗憾，但其主要目的做给中国看的。
她说：“在我们的民主上面划红线，局限我们的民主是相当令人遗憾的。用凤凰卫视这样一个管道，显然也是要说给中国听的成份，比说给台湾听的成份高一些。”
民进党秘书长林佳龙则批评美国通过副国务卿内格罗蓬特的电视采访，来讨好中国，致使中国这样一个独裁国家渔翁得利。他说，这是美国两岸政策的失败。
他说：“美国副国务卿这样的发言，不是羞辱台湾，而是羞辱美国，包括他们的立国精神。”
林佳龙说，美方的表态与台湾民意对立，违背民主的精神，只能更坚定台湾的决心和加速入联公投连署的脚步。林佳龙说，台湾入联公投是迈向正常国家的重要进程，美方的表态不会影响民进党推动入联公投的行动。
他表示，民进党将于9月15号在高雄举行“台湾入联百万行动”的大游行，届时将邀请正副总统和民进党正副候选人等参加，并向全球做同步连线报导。
