美印两国公布了民用核能合作协议的文本之后，双方的战略分析人士对此提出了一些担心。
美国总统布什2006年3月访印期间与辛格总理签署了民用核能合作协议之后，双方就一些有争议的问题进行了艰苦的谈判，于2007年7月27号达成核子和平合作协议。这项协议允许美国向印度出口民用核技术和核燃料，允许印度在国际原子能机构的监督下对核废料进行处理和再利用，但是印度必须保证把民用核技术与军用核技术分开。
印度政策研究中心的国防安全研究学者巴拉特.卡纳德说，这个协议的目的是促使印度融入国际核商业和贸易之中。他说：
“印度不是扩不散条约的签署国，它一直被排除在核商业和贸易之外。这个协议为印度从事核材料和技术的商业及交易提供了便利，同时也结束了印度在核合作方面的国际孤立局面。印度政府原则上同意进口核反应堆，并且希望通过这一措施来缓解印度能源短缺而造成的各种问题。”
但是，这个协议在印度引起了反对人士的抗议。他们要求政府取消这一协议。辛格总理以不切实际为由拒绝了这一要求。
卡纳德说，很多战略人士担心，印度如果再次进行核试验，不仅会受到惩罚，而且与美国的核合作也会随即终止。他说：
“很多人士担心，如果以核合作、核贸易作为条件来换取印度不进行核试验，这等于是在遏制印度进行核试验。核试验之所以对印度还很重要，是因为我们的很多热核设计尚未得到验证，因此还很不可靠，也很不安全。遏制印度这样的国家是不应该的。”
印度和平与冲突研究所主任迪潘卡.班纳吉谈到美印双方顾虑时说：“华盛顿一些人士担心，印度曾在1998年从事过核试验，因此没有必要再把它拉入核集团中来，也没有必要为它提供核能源以及核技术等。印度的反对人士则说，印度出于国家安全的考虑，从未正式放弃发展自己的核战略，因此，与美国达成的这一核协议只会限制印度的战略能力。”
班纳吉说，印度的反对人士还担心，印度有非常先进的核技术，并且发展了自身的核能源，美印核协议有可能导致国际社会对印度进行一定程度的监督，从而妨碍印度在民用核能方面的自主性。
班纳吉表示，美印核协议涉及印度的民用核能，对印度来说是一项积极的协议。他说：
“首先，印度在工业化方面是一个正在崛起的发展迅速的国家。它需要大量的能源。如果它继续以煤炭作为能源发展的基础，有可能给温室气体效应带来巨大压力。因此，美印核协议有可能降低这个可能性。其次，印度有一大批人仍然生活在贫困线以下，为印度提供买得起的能源是一项最根本的要求。因此，这个协议为印度发展核能，即清洁能源，以满足上述要求开辟了道路。”
