台湾中正纪念堂改名为民主纪念馆的争议愈演愈烈，出现教育部和台北市政府对立的局面，双方甚至可能互相控告。
台湾中正纪念堂改名为民主纪念馆之后，主管机关教育部在纪念堂的主体建筑两侧挂上了印有民主纪念馆的大型布幔。不过，台北市政府以违反文化资产保护法为由将布幔拆除。
但是，教育部星期四再度将布幔挂了回去，并强调一切合法，同时也是依法行政，对于台北市政府强制拆除布幔的行为，教育部将依法提出刑事告诉。
教育部社教司长朱楠贤指出，行政院已经在4月13号核定台湾民主纪念馆组织规程，并由教育部于5月10号发布实施，政府也在19号举办了台湾民主纪念馆的揭牌仪式，所以悬挂布幔是依法行政，一切合法。
*朱楠贤：北市府曲解法令*
朱楠贤司长还强调，北市府以违反文资法为由两次开罚，罚款金额总计新台币30万元，并强制拆除了布幔，这种处理方式根本是曲解法令。
另一方面，台北市政府也召开记者会指出，拆除布幔是于法有据，如果教育部要提出告诉的话，北市府也将采取法律行动，依妨碍公署、妨碍名誉向法院提出告诉，
台北市政府文化局长李永萍说：“今天教育部违法，当然就是要处理，并不能因为是教育部，我们就放水，大家好像觉得这个过程非常无聊。但是，无聊的不是台北市政府，而是违法的人。”
台北市政府文化局长李永萍还强调，北市府是依法执行公务，绝对站得住脚。 她还表示，台湾民主纪念馆在法律上是不存在的机构，教育部如果要提告的话，不要以不存在的台湾民主纪念馆提告，应该正大光明的以中正纪念堂的名义提出告诉。
*蒋友柏：蒋家应坦然接受批评*
面对教育部和台北市政府相互对立的局面，台湾副总统吕秀莲星期四表示，地方不应该和中央进行对抗。
吕秀莲说：“凡事如果能法理情，情理法都兼顾的话，会把事情处理的圆融一点。”
民进党立委赖清德还表示，台北市政府不应该霸道地和教育部对抗，这样无法化解民怨，应该让过去的是非恩怨在民主纪念馆的展览当中呈现，以民主态度向前看。
值得一提的是，蒋家第四代蒋友柏日前接受壹周刊专访时公开表示，蒋家过去曾经迫害过台湾人，应该坦然接受批评。
