国民党前主席、前台北市长马英九涉及的首长特别费案星期二再度开庭，马英九出庭前仍然强调，他没有贪污。马英九说：“我的心情还是和以前一样的平静，我对自己的清白、自己的无罪有信心，我对于法庭的公正也有很高的期待。”
这次法庭的重点是就证据进行辩论，首先第一份证据是台北市秘书处先前提供的幕僚意见，认为特别费是用于公务上的馈赠。这项见解不利于马英九。
第二份证据是2006年11月法务部在行政院院会上的报告，认为特别费属于实质补贴。这个论点有利于马英九。不过检察官认为，法务部的解释属于幕僚的个人意见。马英九对此提出辩驳。
*马英九：数十年的惯例*
马英九说，法务部所提出的法律咨询意见书，不只是一个意见，而是说明一个长达数十年存在的惯例，甚至已经到习惯法的地步。这些习惯法早就存在于这个案子之前，也就是全台湾领取特别费的首长是受到行政惯例的影响，而不是受到法务部意见的影响。
马英九说，既然特别费是个人的津贴，不论是特别酬庸、固定报酬或是实质补贴，用语虽然不同，但是其实都是私人的款项。对于以领据核销的特别费如果没有用完是否需要缴回，马英九说，目前没有规定要缴回，他也没有被告知必须缴回。
审判长讯问，检方起诉他按月将市长特别费的一半汇入了帐户，马英九对此是否有不同意见？马英九说，钱不是他汇入的，是会计人员汇入的，所以这项汇款动作并不是由他所执行的。
马英九涉及的首长特别费案，检方在今年2月13号侦结。起诉书说，马英九的罪名是贪污治罪条例第5条第1款“利用职务机会诈取财物”。检方认定马英九的贪污所得是新台币1千100多万元。
*陈聪明：希望统一看法*
稍早，台湾北部和南部的检察官对首长特别费提出了不同的看法。为了解决这项争议，台湾最高检察署星期二召开了检察长会议。检察总长陈聪明表示，希望能在不同的见解和认定当中统一看法。
陈聪明说：“特别费的部份，当然我们要听取各检察署他们的意见，然后经过大家讨论以后，看看能不能做成一个大家都遵守的审酌。”
除了马英九之外，民进党四大天王的特别费案，目前检方也正在进行调查。马英九方面要求调阅陈水扁在台北市长任内的特别费领用的过程，并希望传唤14名中央、地方官员进行作证，以理清特别费的属性。
