台湾前台北市长马英九因为首长特别费案受到台北地检署起诉之后，台南市长许添财的首长特别费案日前则获得了台南地检署不起诉的处理。台南和台北地检署对首长特别费的不同处理引发一些争议。
在野的国民党立法院党团指出，针对首长特别费，南北地检署出现不同的认定，让人民产生了焦虑，对司法也失去了信心，更让人合理怀疑台北地检署起诉马英九根本是政治迫害。
国民党还强调，民进党四大天王吕、游、苏、谢的首长特别费案从去年举发到现在已经超过半年的时间，却仍然没有侦结。国民党质疑，为何检方不赶快办理？到底在怕什么？躲什么？
*亲民党：应尽快协调不一致现像*
泛蓝的亲民党呼吁，最高检察机关应该尽快出面协调这种不一致的现象，否则到时法院审理案子时将会出现攻守失据的情况。亲民党的立委张显耀说：“要求检察总长陈聪明应该立即召开全国检察会议，统一做出见解和裁用标准。”
最高检察总长陈聪明表示，将会在仔细了解南北两边的起诉书之后，再做出妥适的处理。
台南地检署的起诉书认为，首长特别费使用有其惯例，半数不需要发票的特别费实际上几乎已经定性为首长实质的薪资补贴，不能因为主计、审计制度上的缺漏要机关首长负刑事责任。
*民进党：违反专业，令人遗憾*
另一方面，民进党立法院党团则认为，很多人的首长特别费都没有用完、甚至连领都没领，目前查不到10个人有问题，台南地检署检察官凭什么说是制度的缺失，甚至还替马英九辩解，这根本是违反专业，令人遗憾。
行政院长苏贞昌还表示，这两个个案各有不同的情况，而且特别费案已经进入司法程序，大家应该予以尊重。他说：“不要以各自的政治立场、政治利害、政治语言来各取所需，来切入解读。”
*苏贞昌：不应有政治力介入*
苏贞昌重申，他仍然认为特别费案是历史的共业，但是他也强调个人的所作所为要自己负责，任何人有任何不法、不对的地方就要自己面对司法。此外，他还强调，检方办案不应该有政治力的介入。
前台北市长马英九的首长特别费案将于4月3号首度开庭。马英九表示，对于被起诉感到相当不公平，他对自己的清白有信心，更会全力的维护，开庭当天他一定会准时出席。
