北京政府称，台湾当局修改历史教科书的举动，是为了向岛内年轻一代灌输分离主义意识形态的阴谋。与此同时，修改高中历史教科书一事也继续在台湾内部引起争论。
南华早报援引中国国台办官员李维一的话说：“不论台湾当局使用什么伎俩，事实是，只有一个中国，而台湾是中国不可分割的一部份。这是无法改变的。”
在台湾，反对党亲民党发言人李鸿钧表示，如果教育部不停止乱改历史，亲民党将要求行政院长苏贞昌和教育部长杜正胜一起下台。
*孙中山“国父”头衔被摘*
在新版的台湾高中历史教科书里，把台湾过去通称的“本国史”改称为“中国史”，以前惯用的“我国”、“本国”或“中国大陆”全部改称“中国”。中国清朝时期对台湾的移民改成对台湾的“殖民”。至于满清末年国民党发动的“武昌起义”和“广州起义”一律改成中性的“起事”。
此外，在新版高中历史教科书里，不再提“黄花岗七十二烈士”，孙中山的“国父”头衔也被摘掉，直称孙中山先生。
台湾苹果日报评论说，这样一来，建议乾脆称陈水扁为台湾共和国的国父。台湾政大教授蔡玮说：“现在就是，民进党政府想要透过政治社会化的过程，利用教育的方式在青年学子还没有定型之前，灌输他们一些特定的价值观念和意识形态。轻，讲起来就是所谓强化台湾主体意识，敌视中国；重，可能就是鼓吹台独思想。所以我想这个后遗症会很大。”
*争取台独基本盘选票*
除了这项更改教科书举措外，台湾当局近来还进行了一系列的“去中国化”行动，其中包括：将台湾故宫博物院藏品说明中的“北平故宫”和“中央博物院”等字样删除；将“中华文化总会”改名为“国家文化总会”；删除现行民法总则里“服从中国法律义务”等字眼；将“中国国际商业银行”改名为“兆丰国际商业银行”等。
即使如此，政大教授蔡玮表示，中国大陆对这件事的反应可能未必会很激烈，原因是，自从通过反分裂法后，中国大陆的对台政策基本上已胸有成竹，而民进党的这些作法，又在很大程度上是为了选举。
蔡玮说：“就整体看来，中国大陆的对台政策应该是比较明确的。自从通过反分裂法以后，他也懒得跟台北罗唆，他有什么事就透过美国对台湾施加压力。但是台北方面，在未来半年之内可能会有更多的挑衅性言论和举动，这个当然是跟选举有关，因为在民进党的初选过程中，他们要跟台独基本教义派结合在一起，要争取他们的选票。”
