台湾的2006年国防报告书首度公开披露，台湾军方在参谋本部下设立飞弹指挥部，并将建立特种飞弹作战能力。
*首度公开披露设立飞弹指挥部*
国防报告书说，飞弹指挥部直属参谋本部指挥，任务管辖范围从原先的台湾、澎湖、金门和马祖扩大到东引群岛。
东引群岛位于台湾的最北端，距离大陆福建沿海不到20公里。此间媒体说，过去，东引群岛已部署了天弓、雄风二号等飞弹，但都属保密范围，这次是首度明确将东引列入飞弹作战部队内。
报告书指出，在完成兵力结构调整之后，飞弹指挥部原属的防空飞弹部队将移编给空军防炮指挥部，拥有陆基雄风飞弹的雄锋大队则改隶海军。飞弹指挥部将持续建置特种飞弹作战能力建制。
自由时报说，特种飞弹是军方首次公开使用的一个名词，建立特种飞弹能力不排除发展和生产地对地飞弹和巡航飞弹。
联合报援引没有透露姓名的官员说，国防部使用特种飞弹一词是用来掩饰中山科学院研发已有一段时间的两种飞弹，即射程约1000公里的中程地对地弹道飞弹和射程约为600公里的雄风二E型巡航飞弹。
*多项武器研发获重大突破*
国防报告书说，在研发武器系统上，国军秉持“先求有、再求好、再求更好”的思维，并表示目前各项武器研发均已获得重大突破。联合报说，上述两类飞弹，军方已在下半年度编列预算少量生产，以具备反制中共武力犯台的战略吓阻能力。
台湾在对外军事采购的同时研发国产飞弹是落实国军“积极防卫”战略的重要一步。淡江大学副教授翁明贤说，台湾目前的战略是“有效吓阻、防卫固守”，而原先的提法是“防卫固守”在先、“有效吓阻”在后。从2002年起调换了两者的次序，以期化被动为主动。
他说：“在这种思考之下，相关的武器建构都必须要符合积极防卫的目的，那些比较长程的军事打击火力，可能就是国防报告中所谈的未来建构的方向。”
*中国战机近年来频频出海*
国防报告书说，“有效吓阻”就是建立具备吓阻效果的防卫战力，并积极研发、筹建远距离纵深打击战力。
不过，台湾政治大学教授陈伟华认为，台湾在吓阻武器的研制方面并不是那样积极有效。他说：“一般我们说的吓阻武装包括核子武器、长程飞弹、或是潜舰之类的，这些我们通常称为吓阻兵力。台湾目前并没有这类的兵力。”
国防报告书每两年发表一次。今年的报告书用很大篇幅描述台湾所面临的来自中国大陆的军事威胁。报告书说，中国战机近年来频频出海，去年有1700架次之多。
在飞弹方面，中国已经构成短、中、长程、洲际飞弹系列组合，核武打击范围可涵盖全球各主要国家，已初步完成核武吓阻体系。中国二炮部队现有飞弹970余枚，到去年为止，有784枚短程飞弹瞄准台湾。
报告说，中国积极发展渗透能力，特种部队兵力为1万7千人，空降部队达4万余人，可在6小时内对台湾实施空降，陆战队则有8000人，换装新型两栖战车，负责抢占滩头堡。面对总兵力达230万人的解放军，报告书说，台湾坚持“止战而不惧战，备战而不求战”的理念。
