中国国台办和台湾陆委会在台海两岸关系问题上相互指责。但是观察人士认为，这种情形不会影响双方的经贸交流。
中国国台办针对台湾发布的国安报告提出批评，认为这是系统的汇集了陈水扁当局的台独分裂主张，并集中全面地诬蔑和攻击祖国大陆，蓄意离间两岸同胞的感情，挑起两岸的冲突。
不过，台湾陆委会随即发布新闻稿进行驳斥，声明强调，这显示中国不敢面对两岸关系的根本症结，刻意掩饰中国才是制造台海紧张局势的最大障碍，也充分显示中国当局的对台政策僵化依旧，完全没有展现改善两岸关系的具体诚意。
*赖清德：中国之过*
面对两岸当局再度隔空相互批评，执政的民进党立委赖清德认为，两岸目前紧张对峙的情况，中国要负最大的责任。
赖清德：“第一，中国部署800 枚导弹对准台湾，引起亚太地区民众的恐慌，但是，中国依然故我，完全不理会周遭民众的恐惧，第二，我们刚从日内瓦申请世界卫生组织的观察员铩羽而归，最大的阻碍者还是中国。”
*苏起：不影响经贸*
在野的国民党立委苏起则表示，民进党执政，未来两年，在可预见的情况下，两岸都将处于沉闷的僵局，也就是打也打不起来，好也好不起来，不过，这并不会影响两岸之间的经贸交流，
苏起：“我觉得经贸交流在未来两年，可能还会变得更加炽热，这就是市场的需要，整个全球化，两岸之间的经济互补性，还有大陆经济的快速发展，这都让两岸经贸交流变得不可避免。”
台湾陆委会再次强调，两岸农业的议题，台湾政府已经委托既定的单位，并且已经进行了相当长时间的沟通联系，中国方面却只见口头宣传，还不断片面指定台湾内的组织进行协商，刻意回避湾官方授权的单位，显然有意透过制造台湾内部矛盾来剥夺政府的公权力。
台湾陆委会还表示，两岸直航是政府既定的政策，不过，台湾政府将坚持在维护国家主权、公权力运作，并考量国家整体利益，安全以及民众长期福祉的原则下，透过两岸政府来协商解决。
