台湾表示，台美关系巩固，这次由于陈水扁总统过境美国地点取舍和变更所导致台美之间的不悦不会对双方关系产生负面影响。
由于台湾方面突然改变美台双方商定的过境地点阿拉斯加州的安克雷奇，陈水扁此次出访中南美洲的过境外交一波三折。
台湾临时改变过境美国阿拉斯加的计划让美国感到突然和不悦。美国国务院发言人在记者会上宣布了台湾方面的决定，并且没有像通常那样称陈水扁为总统或先生，而是用了人称代词“他”。据认为这明显表示了美方的不满情绪。
*观察人士认为台美互信出现问题*
台湾官员认为，美台之间因过境地点的取舍和变更所产生的分歧不会影响双方的关系。台湾外交部发言人吕庆龙说：“应该不会，这主要是一个各案，主要是到邦交国进行国事访问和庆贺哥斯达黎加总统的就职典礼。另外，台湾跟美国双方具有共同的战略联盟的作用，双方有彼此需要的相关关系在内。所以我们认为，台美两边的关系以后应该会持续向正面发展。”
今年初，台湾总统陈水扁提出终统，美国感到突然。虽然布什总统在4月会见中国国家主席胡锦涛的时候并没有给陈水扁难堪，但一些观察人士认为美台之间在互信方面出现了问题。
淡江大学美国研究所教授陈一新博士认为，美国对台湾起初执意要过境纽约或旧金山、后来又意气用事突然取消过境，相当不满。不过，他指出，美国这样做针对的是陈水扁个人的诚信，而不是所有台湾人民。
*陈一新：布什不愿破坏美台长期友谊*
陈一新说：“这次布什的一些动作主要是针对陈水扁个人的比例比较高，不是针对台湾。假如是针对台湾的话，大可以在两三个星期前布胡会的时候，那不是对台湾更大的伤害吗？甚至不只是批评陈水扁，而是批评民进党整个政府，那对台湾的伤害更大了。所以在这点上，布什在处理这件事还是有分寸的，不至于破坏台湾的整体利益，也不愿意破坏美台之间、人民之间的长期友谊。”
台湾政治大学外交系教授刘德海博士指出，此次过境地点的取舍和变更使美台关系进入困境。他说：“显然台美的关系是进入一种困境，而且这种情形发生在中国国家主席胡锦涛访问美国之后，更让我感到担心的是胡锦涛所要推动的中美共治东亚的局面，台湾的议题似乎跟美国有达成某种程度的协议。这对台湾未来外交的空间会更加有限。想要走独立路线的人，更将面临中美共同围堵的局面。”
淡江大学美国研究所陈一新教授还表示，虽然这次过境问题在美台双方领导人之间造成了暂时的互信问题和关系裂痕，但没有影响美台之间的实质关系。他说，如果陈水扁不再给美国意外，赢得美国的信任，双方之间的关系会恢复到以前的水平。
