台湾表示，陈水扁总统出访中南美洲过境美国的安排，台湾方面无法感到满意，但着眼于美台长期友好关系，决定过境美国时，去回都在阿拉斯加州安克雷奇做短暂停留。
*只能在安克雷奇做技术停留*
台湾外交部长黄志芳5月3号下午专门为陈水扁过境美国举行记者会。他说，陈水扁一行将在4号上午8点30分从台北启程，过境美国阿拉斯加州的安克雷奇，做短暂停留，然后前往中南美洲的巴拉圭和哥斯达黎加访问，并在9号返台途中，再在阿拉斯加州的安克雷奇短暂停留后于11号返回台北。
这次陈水扁过境美国的地点迟迟无法确定，不但出发时间推迟，过境时间和方式也远非台湾方面的预期。
*外交部长表达不满*
台湾外交部长黄志芳在批评中国打压台湾的同时，也表达了对美方安排的不满。
他说：“中国利用国际复杂的形势，以及国际社会对影响和平议题的关注，一再遂行要胁，无所不用其极地打压我国的国际空间。我们要严正表示不满。此次总统过境美国之安排，我方虽然无法感到满意，但是为了不为难友人，并着眼于美台长期友好关系，我们在与美方咨商后决定去回都在安克雷奇短暂停留。”
*蒋孝严：扁越搞越难堪*
曾经担任台湾外交部长的国民党籍立法委员蒋孝严表示，陈水扁政府拼过境美国的外交，这次非但行程被迫推迟，而且连美国本土都不能过境，不仅令人非常难堪，更把台湾总统过境美国的地点退到12年前的待遇。他说，导致这样的结果，关键是美国对陈水扁的态度。
他说：“现在很清楚，美国在处理问题方面是在往大陆倾斜。为什么往大陆倾斜，因为你在两岸问题上制造的困扰，你在两岸关系上制造的麻烦，你在两岸关系方面给布什带来头痛的问题。所以美国利用这个机会让你能够了解到美国真正的不满，美国真正对这个问题相当地严重地来看待。这一拳打过来，如果你陈水扁还没有办法醒过来，就是麻木不仁。”
*失信于美国政府*
蒋孝严说，台湾民进党政府在终统问题上失信于美国，使美台之间相互信任几乎降到冰点。他说，陈水扁应当在赢得美国的信任方面有所作为，不要把外交的重点放在过境外交上。他认为，只有脚踏实地、以务实的态度不断地在国际上拓展台湾的外交和生存空间，才能取得实质的成果。
陈水扁自从2000年就任总统以来，曾多次过境美国，其中2001年5月曾过境纽约3天2夜，2003年再次过境纽约并接受了国际人权联盟颁发的2003年的人权奖。
*黄志芳：不应是未来惯例*
对于美国方面这次所安排的过境地点，台湾外交部长黄志芳说，这次过境地点的安排是在特定时空下的特定安排，不会成为未来总统过境美国的惯例。他说，过境阿拉斯加州安克雷奇的时间大约是两个小时，属于技术性停留。
台湾总统过境美国仅做技术性停留并不是第一次。1994年5月4号，当时的总统李登辉过境美国，被美方安排只能在夏威夷机场的贵宾室休息。李登辉对美方安排不满，拒绝下飞机，并穿着睡衣在飞机上会见美国在台理事会主席白乐崎。
不过，1995年的6月7号，李登辉再次过境美国时，不仅停留西部城市洛杉矶，而且8号还到他的母校、东部纽约州的康奈尔大学发表了演讲。
这次陈水扁是否也是只在飞机上做过境停留，还是到机场贵宾室休息，目前还不清楚。
