有关台湾总统陈水扁几个月前曾派秘使去北京的指称在台湾引发争议。总统府方面表示，这种说法毫无根据。
台湾前陆委会主委、国民党立委苏起星期四透露，根据他从美国和中国等不同管道所获得的极可靠消息来源指出，2005年下半年，陈水扁总统曾经在美国促谈的压力下，派遣密使和中国高层见面，但是，最后因为晤谈毫无交集而宣告破裂。
至于密使到底是谁？引发外界关注。由于最近两年来，只有民进党籍的前陆委会首席副主委兼发言人、现任台大国家发展研究所教授陈明通曾经到过中国访问，并且和中国涉台部门进行过接触，所以，一般认为，陈明通就是国民党所指的两岸密使。
目前正在美国华府访问的陈明通指出，听到这样的传闻觉得很好笑。他说，事情和他无关，别人要怎么说，他一点兴趣都没有，也不想评论。
*苏起不愿意证实也不加以否认*
对此，苏起不愿意证实，也不加以否认。苏起说：“他自己大概比较大嘴巴，跟了不少人讲，所以消息才会传到我的耳朵来，名字是后来填空填上去的，不是我填的。”
但是，陆委会主委吴钊燮则澄清，绝对没有这回事，他说，到目前为止，两岸之间没有所谓的密使，两岸政府也没有任何私下沟通的管道。
民进党立委陈景峻还指出，陈明通当时是以学者身份到中国进行交流，和政治无关：“陈明通教授目前人也在国外访问，他当时是有去，可是，他是去做学术研究研讨，绝对不是密使。”
总统府公共事务室也提出反驳，表示密使传闻纯属道听途说，毫无根据。总统府还强调，陈水扁总统从来没有派遣任何人到中国和中国高层有过任何的晤谈。
*马英九表示知道这件事*
在野的国民党主席马英九则表示，他知道这件事情，不过，有没有派密使不是重点，真正的作法应该在于有没有作用？两岸有没有沟通清楚、两岸有没有取得共识才是重点，如此，才能避免掀起台海危机。
立法院长王金平还表示，两岸没有正式接触，私底下找人去了解对方的想法、传达信息很难避免，他不知道陈水扁总统有没有派密使访问中国，不过，就算有的话，也不足为奇。
