为了加速两岸直航，台湾在野党国民党主席马英九表示，有可能发动直航公投，这番说法，引发了台湾朝野不同的反应。
马英九日前接受联合报专访时表示，将在立法院加速推动两岸直航，如果修法之后，政府仍然拒不开放直航，就会发动直航公投，迫使政府正视民意，订定直航的政策。
国民党立法院党团星期五也宣示，将推动直航公投。他们主张，两岸直航不能再拖，并呼吁台湾人民拒绝意识形态绑架台湾，支持两岸直航、三通。
*马英九强调直航公投只是选项
不过，马英九星期五接受媒体询问时强调，直航公投目前只是选项，还没到发动的阶段：“两岸直航的过程当中，我们希望第一步能修改两岸人民关系条例，修改以后，有学者建议，可以进行直航的公投，所以这只是一个选项，还不是国民党的政策。”
马英九还指出，从民意调查来看，大多数台湾民众都赞成两岸交流，促进交流有助于缓和两岸的紧张，这是对台湾有利的。他说，从中国国台办主任陈云林来台交流被陆委会拒绝之后，未来将想想其他的方法，他说，国共在第三地交流也是可能的方向之一。
另一方面，有关马英九抛出修正两岸关系条例推动两岸直航的说法，陆委会主委吴钊燮则表示，国民党应该先让中国坐上谈判桌，再来谈两岸直航的问题：“如果中国大陆不愿意和我们协商的话，就没有直航，(国民党)只透过修法的行为，不去敦促中国大陆那边就直航的事项和我国政府平等协商的话，我想，这是一个本末倒置的行为。”
*民进党称应先公投再修法*
民进党立法院党团干事长赖清德表示，欢迎国民党主席马英九提出的直航公投，不过，他认为应该先举办公投，取得台湾人民的共识之后再修法，避免修法方向和公投结论不一致。
台联党立法院党团也表示，直航公投是国民党主席马英九统一时间表的首部曲，在多数民意仍然支持维持一边一国的现状下，国民党应该停止在立法院推动不符合多数民意的直航条款，先举办确认两岸国与国关系的公投，再根据公投的结论进行修法。
陆委会副主委游盈隆认为，民主国家不能反对公投，因为公投是根据民意做为政策的指导方针，也是解决重大政策争议非常重要的机制，如果公投能解决问题，陆委会事实上也表示欢迎。
