尽管台湾民间组织已经和北京就台湾水果向中国大陆出口达成共识，但是台湾总统陈水扁却认为，台湾水果相当有竞争力，不一定非得销往中国。
中国大陆开放台湾水果销往大陆的所有技术性问题，台湾省农会已经和大陆方面达成了共识，在农产品检验检疫和原产地的认证上，将完全采用民间模式，解决了敏感的官方色彩问题。
*扁称不一定要销往大陆*
不过，陈水扁星期天出席一项农产品活动时却表示，大家对台湾水果要有信心。他以芒果为例指出，在外销产量当中，几乎一半出口到日本，同时，价钱也比卖到中国要好很多。他说，这证明台湾水果不一定非得卖到中国才有出路。
*立委：应由市场决定*
对于水果是否应该出口中国大陆，国民党立委赖仕葆认为，应该由市场决定，政府不应该干预：“台湾水果销哪里，可以这么讲，哪里要台湾的水果，就销哪里。政府如果要用它的力量阻止商品的外销，如果这样的话，乾脆把和大陆所有的往来全部关起来。”
民进党立委李文忠也同意，水果出口应该由市场机制来决定。不过，他也强调，不论双方派出什么样的单位来协商，背后一定要有政府的支持：“因为后续有很多的工作是政府必需做的，比如检疫的工作，很多通关的配合，这都是政府的公权力必需施行。”
联合报还报导，大陆涉台人士强调，台湾水果零关税进口中国，目前是万事俱备，只欠东风，只要两岸相关民间组织签署协议，就可以正式启动。
*扁：应由外销窗口办理*
不过，陈水扁则表示，目前包括中国在内，外销窗口都由外贸协会负责全世界行销，他还强调，任何个人或团体私下去和中国谈，不论谈什么都不算数，外贸协会有多年国际贸易和商务谈判的经验，绝对可以将台湾农产品像电脑一样卖到全世界。
陆委会也表示，台湾农产品出口大陆的问题，政府已经委请外贸协会协助联系安排，省农会只是早先中国片面指定进行协商的对象，并不是台湾政府委托的机关。陆委会希望台湾人民对中国方面积极统战的作为，要保持高度警惕。
台联党立法院党团总召集人何敏豪也表示，政府既然已经释出善意，指定外贸协会作为台湾农产品出口中国的窗口，中国当局应该依循世界贸易组织的架构，与外贸协会协商相关的事宜。
