美国国务院在有关中国人权状况的年度报告里，对中国当局继续侵犯维吾尔族穆斯林的政治、宗教和文化权利表示极大的忧虑。这份报告说，新疆当局去年继续拘捕被认为从事危及政府当局活动的人，包括进行未经当局许可的宗教活动的人，并且指控这些人犯有各种不法行为，包括违害国家安全罪。
中国的穆斯林必须和其他宗教团体一样遵守严格的登记规定，但是这些规定对新疆维吾尔族穆斯林却格外严格执行。在中国，所有的清真寺都必须向由国家掌控的伊斯兰教协会登记。伊斯兰教教长必须首先取得国家颁发的执照，才能开始行使宗教职务，而且他们还务必经常参加爱国主义教育学习班。新疆当局常常指责那些从事和平宗教活动的人犯有‘三大罪行’，即恐怖主义、分裂主义和极端主义。
在中国，维吾尔族权益活动分子及其家属可能遭到严惩。中国在新疆的一个法庭最近判处阿布里克姆九年徒刑，所控罪名是‘煽动并从事分裂活动’。阿布里克姆的母亲是流亡国外的世界维吾尔族大会组织主席，热比娅·卡德尔。热比娅的另两个儿子也被指控偷税漏税，其中一人被判七年徒刑。据报导，阿布里克姆及其兄弟在被拘押时遭到虐待。美国一再对有关指控及有关案件缺乏恰当法律程序表示关注，发动这两起诉讼案的目的看来是对热比娅·卡德尔在美国的政治活动施行报复。我们也已经对玉山江被引渡、定罪及判刑的过程缺乏恰当法律程序提出了关注，玉山江是加拿大公民，2006年三月被中国当局从乌兹别克斯坦引渡到中国。
中国和国际社会具有一样的合法权利和义务在任何地点打击恐怖主义。然而与此同时中国政府却不该把反恐战争作为借口，镇压维吾尔族人或任何以和平方式坚持不同政见的人。负责东亚和太平洋地区事务的美国副助理国务卿克里斯坦森说，‘每当中国压制人民自由的时候，它就限制了自己发挥最大潜能的力量。’克里斯坦森说，中国首先必须发展更为开放、透明和自由的社会，它才能被认作是世界舞台上的领导国家之一。
