台湾海军“敦睦舰队”出现28名官兵及见习生确诊新冠病毒感染，不仅把台湾确诊人数推向一个高峰，而且海军在军舰发现疫情前后的处理方式引发相当多的争议。有军事专家认为，这起事件的后遗症涉及国家安全。
台湾国防部部长严德发星期三（4月22日）在立法院接受“磐石军舰群聚染疫案”质询时坦言，军方在防疫动态讯息的传递与检疫上确实欠缺严谨。
台湾被国际公认在防疫上表现良好，一直以来以最高检疫规格严守机场边境。不过，国防舰队却成为防疫上的最大破口，连总统蔡英文星期三也在总统府召开记者会对社会大众致歉。蔡英文还要求国防部在最短时间内查清真相，改正错误。
此前，台湾前往帕劳的海军敦睦舰队出现28名人员确诊感染新冠病毒。国防部长严德发为此向蔡英文自请处分，敦睦舰队的支队长陈道辉少将、舰队指挥官高嘉滨中将等两人遭到调职处分。
台湾国防部的初步调查表示，这次事件海军有4项缺失，包括疫情通报未落实、联合检查小组未落实实质检疫、士官兵防疫管理不够确实、任务前的防疫措施规划不足等。
前战略与国际问题研究中心（CSIS）的军事研究员、目前任教于台湾政治大学外交研究所的陈伟华教授认为，海军敦睦舰队染疫确实破坏了台湾的防疫成效，虽然军舰上处理病毒问题很困难，但海军在这起事件上确实有所缺失。
陈伟华说：“军舰上的医疗是紧急用的，无法像一般医院整个措施、设施或医疗技术比较高明。我觉得海军在一开始比较轻忽，不觉得是多么严重的事情。还有最大的原因可能是军方可能认为上舰的官兵都年轻力壮的年轻人，新冠肺炎致死率没那么高，所以轻忽了之前的防预防之中的隔离和之后的补救措施。所以它（海军）之前、之中和之后都有疏失。”
国防部长严德发之前曾表示，敦睦舰队去过其他地方，愿意配合立法院做机密报告。蔡英文星期三会见媒体时表示，这次敦睦舰队执行特殊任务，她不方便明说，不过除了去到帕劳之外，没有去别的地方。不过，就在蔡英文公开做出如此表示后，严德发立刻改口说，敦睦支队没有去其他地方，就是去帕劳。
台湾的国防大学国防管理学院前院长帅化民认为，敦睦舰队出航并不是战备任务，遇到风向或任何意外情况发生时可以不出访，也可以改变行程。他质疑说，海军有必要在疫情严重时冒险出这个任务？在台湾所有民众都深知携手合作共同抗疫之际，海军难道从上到下都没有通识，而且没有充分准备？
帅化民对美国之音说，在明知疫情严重情况下海军仍然出航执行“敦睦”任务，这显然受到上面的压力，才会做出不当决定，选择不当时机，做一个不当的事情；然后又不敢把真相讲出来，才会发生严德发和蔡英文之间发言不一致的问题。
星期三，国防部在立法院检讨讯息传递的缺失时表示，4月3日疾病管制署发布“嗅味觉异常”为新冠肺炎的新增病症，4月9日该讯息才传送到舰上。
“这就是没有落实资讯的传达造成的疫情蔓延。”无党籍立委林昶佐在立法院对严德发质询时直指，国防部自己内部讯息传递时就有所延误，若能及时、确实让舰上军官得知最新病症讯息，就不会造成防疫破口。
在立法院质询中，国防部坦言，联合检查役调小组确实缺乏严谨。在4月9日至14日期间没有落实检疫，未确实检视航行期间的就医纪录。
陈伟华教授接受美国之音采访时说，这次事件看出，需要对军方的指挥系统进行检讨，但是他认为，新冠肺炎疫情如此严重就必须像美国总统特朗普、日本首相安倍晋三、德国总理默克尔那样，把疫情的中心指挥系统拉高到总统层级，而不是像台湾仅仅由一位卫生福利部长来总管指挥。他说，部长层级低就管理不了国防部的行动。
基进党立委陈柏惟星期三也指出，国军有必要成立一个专责编组。他说：“把它当成是第二战场，甚至成立类指挥中心，把所有医疗专业的意见，在未来的每一次不管演习或训练里面，都把它确实落实在军队基层里面。”
帅化民对美国之音说， 三军当中以海军的情况最受挑战，海军处理紧急状况的能力例如这次敦睦舰队的疫情问题其实事关国家安全。
帅化民说：“ 我最担心的是，如果中共继续绕台，台湾如何跟进。船那么小，病毒随时会发作，如何改善设备，如何应对未来状况，军队的后遗症还在后面。”
台湾国防部星期三宣布，未来会落实资讯及时传递机制，将重大疫病资讯都列入作战系统通报当中，避免类似状况再次发生，并提出后续防疫措施，包括成立应变中心、实施营区外全面消毒、检疫隔离官兵及眷属照顾等。
疫情席捲台湾军方，但蔡英文强调，台海当前情势，对岸的军事动作频繁，所有疫情期间必要的战备演训还是要进行，以保持正常的战力和战备。
