针对滞留武汉台湾民众无法返台，北京政府负责台湾事务的国务院台湾事务办公室发言人马晓光星期五（2月14日）表示，台湾执政党民进党当局和“台独”势力企图利用此次新型冠状病毒疫情“以疫谋独”。马晓光强调，北京政府有能力、有信心打赢疫情防控阻击战。
台湾中央流行疫情指挥中心指挥官陈时中则在同一天下午做出回应说，台北已经向中国方面提供121名亟需返台的台湾人名单，而且医护人员和班机已经准备就绪，随时可执行任务；但中国拖延、不合作。陈时中表示对北京坚持不合作的态度感到无法理解，高度遗憾。
中国国务院台湾事务办公室发言人马晓光发布的新闻稿说，新冠肺炎（COVID-19，2019年冠状病毒疾病）疫情发生以来，北京始终坚持把人民群众生命安全和身体健康放在第一位，各地区各部门和广大民众团结一心，奋力抗疫。
马晓光称，北京政府的对台工作机关高度重视和关怀台湾民众健康福祉，积极为在大陆的台湾人提供防疫服务和生活说明，精心医治台人患者，透过春节加班机运送部分滞留湖北台湾民众返乡，协助各地区台企有序复工复产，而民进党当局和“台独”势力“利用此次疫情趁火打劫，大搞政治操弄，不断升高两岸对立对抗，肆意恶化两岸关系气氛，充分暴露出灵魂深处的丑陋。”
陈时中则指出，先前台北第一次派遣包机到武汉台湾人返回台湾，台湾提出弱势人员优先、并安排医护及检疫人员做好登机前检疫工作，在航程中提供充分医疗照顾，且希望由华航班机协助运输，但北京没有接受台湾的提议。台湾方面后来也发现中国大陆当局安排上机的旅客名单不符合弱势原则，甚至有未在名单内的人上机，有些人在抵达台湾后被验出为确诊案例。
有批评者说，中国大陆当局可能是蓄意将感染者送到台湾，以便在台湾也引发一场疫情。与此同时，台湾政府和卫生健康部门则担心来自中国大陆的感染者大量增加会给台湾公共卫生医疗系统带来巨大的、可能是难以承受的冲击。
台湾中央流行疫情指挥中心指挥官陈时中星期五表示，考虑到中国方面防疫事务繁重、物资人力相当紧张，因此台湾方面已协调台湾华航进行后续包机任务，并以年幼、年长者及患有慢性病者优先为原则提出121位优先返台国人名单，并规划12名防疫医护人员同行以保证对返台人员的照料能严谨周全，现在就等双方达成共识，包机随时都可执行。
