马来西亚外长希沙慕丁星期二（6月1日）晚间表示，马来西亚外交部将向中国发出外交抗议照会，并将召见中国大使，要求对16架中国军机“侵犯马来西亚领空和主权的行为”作出解释。
马来西亚空军星期一表示，发现中国飞机一度飞入婆罗洲岛（Borneo）沙捞越州（Sarawak）海岸60海里（约110公里）的范围内，马来西亚空军部署战机对中国飞机进行了拦截。
中国飞机被确认为伊尔-76型和运-20型运输机，飞机的飞行高度一直停留在约7000米或以上。
马来西亚称中国军机事件是“对国家主权和飞行安全的严重威胁”。
马来西亚外长希沙慕丁在声明中说:“马来西亚的立场很明确，与任何国家建立友好外交关系并不意味着我们会在国家安全上妥协。”
希沙慕丁还表示，将向中国外长转达马来西亚对此事的严重关切。
中国方面为这一行动进行了辩护。中国驻马来西亚大使馆称中国空军这次行动是例行飞行训练，不针对任何国家。中国军机在训练期间没有进入任何国家领空，且严格遵守了有关法律。
中国外交部发言人汪文斌星期三也表示，此次行动是中国空军在南中国海（中国称南海）斯普拉特利群岛（中国称南沙群岛）南部海域开展的例行训练活动，不针对任何国家。
他还说：“训练期间，中国空军严格遵守国际法规定，没有进入他国领空。中方已就此与马方进行了沟通。”
南中国海蕴藏着丰富的渔业资源及海底燃料资源。马来西亚、菲律宾和越南等国均是南中国海的主权声索国，而中国更是宣称对南中国海几乎全部海域拥有主权。中国近年来在南中国海加紧造岛的同时，还不断在这片海域部署海警和渔船以加强巡逻力度，引起了国际社会的关注与担忧。
除此次中国军机事件外，中马两国去年也曾在这片海域发生纠纷。隶属美国智库战略与国际研究中心（CSIS）的亚洲海事透明倡议（AMTI）表示，去年年底，中国海岸警卫队5402号船停泊在婆罗洲以北海域的卢康尼亚浅滩（Luconia Shoals）附近，马来西亚称该海域属于其海上专属经济区。这艘中国舰船先后骚扰了一个马来西亚钻井平台和一些补给舰，当时这些补给舰在距离马来西亚海岸44海里（81.5公里）的地方作业。
美联社报道说，马来西亚称中国海警和海军船只在2016年至2019年期间就曾89次入侵南中国海的马来西亚水域。马来西亚已向中国提出6次外交抗议。
另一方面菲律宾政府监督有争议地区的机构3月发现，在惠特森礁（Whitsun Reef）周边海域停泊了200多艘中国船只。菲律宾政府认为这些渔船上的人员是民兵。惠特森礁位于属于菲律宾宣布的专属经济区内。菲律宾就这一事件召见了中国驻菲大使，并表达了“极度不满”。
