新的迹象显示，马云事件可能比外界看到的企业整顿问题更为严重，或许有中共高层政治背景。伦敦《金融时报》透露，中共在去年年底向媒体下达有关马云的报道指南，下令媒体必须遵守官方口径，未经允许不得评论，不得引述外媒报道。
《金融时报》周五（1月8日）的报道称，北京如此重手处理马云事件，不同寻常，俨然就是一个政治敏感事件。
马云自从在去年10月上海外滩金融峰会上发言批评中国监管部门之后就失去踪影。他创立的蚂蚁金服的上市计划在最后一刻被监管部门叫停。蚂蚁集团核心人物被监管部门集体约谈，一场针对马云企业的反垄断调查和整顿迅速展开。
马云在那次上海会议上抱怨中国银行监管部门缺乏时代眼光，担心它们用“管理火车站的办法去管理飞机场”。
马云还反驳了王岐山等高级官员对中国存在系统性风险的评估。他认为中国的金融和银行系统尚在发展之中，还没有形成一个系统，哪来的系统性风险？
马云的话据信激怒了中共上层，特别是中共总书记习近平。有不少消息说，是习近平亲自主导了对马云企业的整顿和对马云本人的处理。
《金融时报》说，去年12月底，中国政府的宣传部门向媒体发出指示，要求所有媒体在马云事件的报道上要严格遵守官方口径，把马云问题定位于对阿里巴巴进行反垄断调查的调子上，而不要在未经许可的情况进行变更或过度分析。
报道说，据看到这份媒体指导的人士说，“如果任何公司发表与官方口径相左的言论，都不得刊登、不得转推，也不能引用外国媒体”。
中共机关报《人民日报》批评中国科技行业追求“更高程度的市场集中”，指出加强市场监管对经济的健康发展非常重要。
美国加州大学伯克利分校信息学院的研究员萧强认为，中共发出的这份报道指南“措辞严厉，非同寻常”。
萧强说：“（指南的）措辞与审判薄熙来一类的‘非常重要的政治事件’的报道指南非常类似。”薄熙来是前中共中央政治局委员和前重庆市委书记。他因“贪腐罪”被判处无期徒刑。
萧强说：“马云公司的投资直接跟中国最有权势的政治家族有关。这次马云出事可能具有很强的政治背景，而不只是因为他的那个讲话可能触动了习近平或其他党内高管的神经。”
