Kekerasan terhadap kaum minoritas terus menjadi sorotan bagi AS yang gencar mempromosikan pandangan kebebasan beragama. Salah satu negara yang dinilai masih bermasalah adalah Indonesia, khususnya terkait dengan beberapa insiden seperti pembakaran masjid di Tolikara,Papua dan gereja di Singkil, Aceh.