سازمان عفو بین‌الملل، یک روز پیش از برگزاری مراسم تحلیف ابراهیم رئیسی، در توییتی نوشت که «جنایات علیه بشریت» بر این مراسم سایه انداخته است.
این نهاد همچنین خواستار انجام «تحقیقات کیفری» به دلیل نقش آقای رئیسی در «جنایات علیه بشریت» در رابطه با «کشتار ۶۷» شده است.
سازمان عفو بین الملل، شماراعدام شده‌های آن سال را حدود ۵ هزار نفر اعلام کرده و در گزارشی در سال ۲۰۱۸ گفت که «آمار واقعی می‌تواند بیشتر باشد.»
این نهاد حقوق بشری، پس از پیروزی رئیسی در انتخابات نیز درخواست خود برای تحقیق در مورد نقش او در آن چه که واشنگتن و گروه‌های مدافع حقوق بشر «اعدام‌های فراقانونی هزاران زندانی سیاسی» در سال ۱۳۶۷ خوانده‌اند، تکرار کرد.
سازمان عفو بین‌الملل در توییت اخیر خود با اشاره به شرکت نماینده اتحادیه اروپا در مراسم تحلیف رئیسی، از جامعه بین‌المللی خواسته است تا تعهد خود به مبارزه علیه «مصونیت حاکم بر ایران برای اعدام‌های فراقضایی و سایر موارد قتل، ناپدیدسازی قهری و شکنجه» را به صورت علنی نشان دهند.
تصمیم اتحادیه اروپا برای فرستادن نماینده خود، انریکه مورا به مراسم تحلیف ابراهیم رئیسی، با انتقاد شماری از چهره‌های سیاسی، فعالان مدنی و حقوق بشر همراه شده است.
در ایران، نرگس محمدی، فعال حقوق بشر با انتقاد از سفر انریکه مورا به تهران و با بیان اینکه ابراهیم رئیسی حقوق بشر را نقض کرده است، در اینستاگرام نوشته است «آقای مسئول محترم چطور است که شما برای ادامه مذاکرات با حکومت ایران می توانید به ایران سفر کنید و حکومت ایران شما را می پذیرد؟ اما واکسن های شما را برای مردم ایران نمی پذیرند؟ چون اولی برای بقای حکومت و دومی برای بقای مردم است. من بعنوان یک فعال حقوق بشر اعلام می‌کنم، اقدام حکومت و حضرتعالی را برای بقاء حکومت و عدم بقاء مردم نمی پذیرم و معترضم. این روز را من و مردم سرزمینم به خاطر می سپاریم، شما هم خوب به خاطر بسپارید.»
شاهزاده رضا پهلوی نیز در گفتگو با خبرگزاری فرانسه، این تصمیم را «مشروعیت‌بخشی» به چیزی که نباید مشروع شناخته شود و «سیلی به صورت» مردم ایران توصیف کرد.
مسیح علینژاد، روزنامه‌نگار و مجری برنامه تبلت صدای آمریکا نیز با انتشار ویدئویی بر توییتر خود به حضور نماینده اتحادیه اروپا در مراسم تحلیف رئیسی اعتراض کرد و نوشت: «اعتراض ما فقط در مورد جان خود مردم ایران نیست، اگر شما غربی‌ها در مقابل کسی که عامل کشتار و قتل و کروگان‌گیری هزاران انسان است نایستید، جان شهروندان خودتان هم در خطر است.»
سازمان عفو بین‌الملل همچنین ازرهبران دنیا خواسته تا ایجاد یک سازوکار تحقیق و پاسخگویی مستقل را «برای جلوگیری از تکرار چرخه خونریزی و تامین عدالت و پاسخگویی برای قربانیان و بازماندگان» با شورای حقوق بشر سازمان ملل متحد مطرح کنند.
