وزیر امور خارجه جمهوری اسلامی ایران گفت روابط تهران و باکو نباید تحت تأثیر «اظهارات رسانه‌ها» قرار بگیرد و مسائل باید زودتر در سطح سیاسی «مدیریت» شود.
در روزهای گذشته نیروی زمینی ارتش ایران یک رزمایش گسترده نظامی در مرز جمهوری آذربایجان برگزار کرد و مقامات جمهوری اسلامی نسبت به تعامل جمهوری آذربایجان با اسرائیل انتقاد کردند و گفتند حضور اسرائیل در منطقه را تحمل نخواهند کرد.
پس از آن، دفتر نمایندگی آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی ایران، در باکو پلمب شد.
بنا بر گزارش روز دوشنبه ۱۹ مهر ایرنا، حسین امیرعبداللهیان در گفت‌وگو با تلویزیون دولتی روسیه با عادی جلوه دادن روابط تهران و باکو، گفت که وزیر خارجه جمهوری آذربایجان نیز می‌تواند، مانند همتای ارمنستانی خود، به تهران سفر کند.
در این حال، او خاطرنشان کرد که «برخی مداخلات خارجی» منطقه را به سویی سوق می‌دهد که «ژئوپلیتیک منطقه و مرزها تغییر کند» و «گذرگاه‌های مرزی بسته و یا جابه‌جا شود.»
پیش‌تر، امیرعبداللهیان گفته بود جمهوری اسلامی ایران حضور و فعالیت اسرائیل علیه امنیت ملی خود را تحمل نمی‌کند و در این رابطه «هر اقدامی که لازم باشد» انجام می‌دهد.
جمهوری آذربایجان در سال‌های گذشته همکاری‌های نظامی و امنیتی خود را با اسرائیل توسعه داده و به دنبال تشدید تنش بین ایران و اسرائیل و خرابکاری در مراکز هسته‌ای و صنعتی ایران و هدف قرار دادن کشتی‌های دو طرف در آب‌های منطقه، نگرانی جمهوری اسلامی از حضور اسرائیل در نزدیکی مرزهای ایران بیش از پیش افزایش یافته است.
در پی مناقشات اکتبر سال گذشته، جمهوری آذربایجان با اعلام پیروزی بر ارمنستان، کنترل ۱۳۰ کیلومتر از مرز ارمنستان با ایران را که از دهه ۱۹۹۰ در اختیار ایروان بود به دست گرفت. همچنین کنترل بخشی از بزرگراه اصلی ارتباطی میان ایران و ارمنستان را، که از جمهوری آذربایجان می‌گذرد و یک راه تجاری کلیدی به دریای سیاه و روسیه است، در اختیار گرفت.
جمهوری اسلامی ایران نسبت به اعمال مالیات سنگین بر کامیون‌های ایرانی حامل کالا به ارمنستان از سوی جمهوری آذربایجان واکنش نشان داد، چرا که ممکن است دسترسی به بازار ارمنستان را مختل کند.
در این حال، الهام علی‌اف، رئیس‌جمهور آذربایجان، ایران را متهم کرد به درخواست‌ها برای توقف تحویل کالا از سوی ایران به ارمنی‌ها در قره‌باغ، پاسخ نداده است.
ایران و جمهوری آذربایجان مرز مشترکی به طول ۷۰۰ کیلومتر دارند.
