سازمان عفو بین‌الملل در واکنش به اعلام پیروزی ابراهیم رئیسی در انتخابات ریاست جمهوری اسلامی بیانیه ای منتشر کرد و از کشورهای عضو شورای حقوق بشر خواست اقدامی انجام بدهند.
اکنس کالامارد رئیس سازمان عفو بین الملل روز شنبه ۲۹ خرداد گفت: ابراهیم رئیسی به جای این که در مورد جنایت علیه بشریت، شامل قتل، ناپدید شدن اجباری و شکنجه مورد تحقیق قرار گیرد، به مقام ریاست جمهوری رسیده، که یادآوری تلخی از مصونیت این گونه متهمان از سوی حاکمیت در ایران است.
در بیانیه عفو بین الملل آمده است: در سال ۲۰۱۸، عفو بین الملل مستندات نقش ابراهیم رئیسی در هیات موسوم به مرگ را ارائه داد. این کمیسیون مسوول اقدامات فراقانونیِ منجر به ناپدید شدن و اعدام هزاران مخالف سیاسی در زندانهای اوین و گوهردشت در سال ۱۳۶۸ بود.
سازمان عفو بین الملل می گوید کشورهای عضو شورای حقوق بشر ملل متحد باید اقداماتی مشخص برای رسیدگی به مصونیت متهمان به جنایت در ساختار حکومت در ایران انجام دهند تا بتوان زمینه دادرسی های مستقل و عادلانه در آن کشور فراهم آید.
عضویت در هیات مرگ
یکی از بزرگترین موارد نقض حقوق بشر در تاریخ جمهوری اسلامی کشتار ۶۷ است که ابراهیم رئیسی در صدور احکام اعدام نقشی برجسته داشت. بعد از دستور آیت الله خمینی، هیاتی که به «هیات مرگ» مشهور شد، درباره سرنوشت ده‌ها زندانی سیاسی تصمیم گرفت و حکم اعدام آنها را صادر کرد. در این هیات، مرتضی اشراقی دادستان، حسین‌علی نیری حاکم شرع، ابراهیم رئیسی معاون دادستان، و مصطفی پورمحمدی نماینده وزارت اطلاعات در اوین حضور داشتند. اغلب این زندانیان سیاسی که از گروه‌هایی چون مجاهدین خلق و گروه‌های عمدتا چپ بودند، محاکمه شده بودند و حکم قطعی زندان داشتند.
در سال ۹۶، وب‌سایت رسمی آیت‌الله منتظری، قائم مقام وقت رهبر جمهوری اسلامی در دهه شصت که در پی اختلاف با آیت‌الله خمینی بر سر اعدام‌های سال ۶۷ برکنار شد، یک فایل صوتی ضبط شده در حوالی ۲۴ مرداد ۱۳۶۷ را منتشر کرد که اعدام‌های آن سال را «بزرگترین جنایت جمهوری اسلامی» دانسته بود. او این سخنان را خطاب به اعضای هیات تصمیم‌گیرنده درباره زندانیان یا «هیات مرگ» گفته بود.