سید جواد طباطبایی به سال ۱۳۲۴ در تبریز زاده شد. پدرش را که از بازاریان تبریز بود در هشت سالگی از دست داد. در همان دوران کودکی زبان فرانسه را نزد کشیشی فرانسوی فراگرفت.
طباطبانی دوران دبیرستان را در تبریز تحصیل کرد و سپس برای فراگیری حقوق به دانشگاه تهران رفت. هنگام تحصیل حقوق در تهران نزد جواد مصلح شروع به خواندن اسفار ملا صدر و الهیات شفای ابن سینا کرد. پس از اخذ لیسانس از دانشکده حقوق و علوم سیاسی دانشگاه تهران دوران سربازی خویش را به عنوان سپاه ترویج در تهران و تبریز گذراند.
در آن دوران بخش مهمی از وقت خود را صرف خواندن آثار انگلیسی و فرانسوی می‌کرد. طباطبایی توانست در انتهای دوران سربازی بورس تحصیلی دانشگاه پاریس را بگیرد و به فرانسه برود.
در پاریس او همان ابتدا تصمیم به تغییر رشته گرفت و توانست با قبول شدن در امتحان ورود به دوره «دکتری دولتی» مستقیما وارد این دوره دانشگاه سوربن شود و با اخذ دیپلم مطالعات عالی از رشته فلسفه سیاسی فارغ التحصیل شد. او یادداشتها و و حاشیه‌های لنین بر کتاب هگل را ترجمه و به عنوان «یادداشت‌هایی درباره دیالکتیک» منتشر کرد.
دکتر جواد طباطبایی در سال ۱۳۶۳ با دریافت درجه ممتاز دکتری دولتی در رشته فلسفه سیاست به ایران بازگشت و به عضویت هینت علمی دانشگاه تهران در آمد و معاون پژوهشی دانشکده حقوق و علوم سیاسی دانشگاه تهران شد. در همان زمان، او سردبیری نشریه همین دانشکده را بعهده گرفت. او پس از مدتی از تدریس ممنوع و سپس از دانشکده اخراج شد. علت اخراج به گفته یکی از مسئولان دانشگاه «لیبرال، لائیک و ملی‌گرا» بودن او بود.
طباطبایی پس از اخراج از دانشگاه تهران به کار پژوهشی خود در مراکز دیگر ادامه داد و با امکاناتی که در مراکز پژوهشی فرانسه، آلمان، و آمریکا فراهم آمد، پژوهشی درباره تاریخ اندیشه در ایران را دنبال کرد. او در سال ۱۳۷۶ موافق شد نشان «نخل آکادمیک» عالی‌ترین نشان علمی فرانسه، و مدال نقره تحقیقات در علم سیاست را از دانشگاه کمبریج انگلستان کسب کند. او مدتی نیز عضو هیئت علمی دایره المعارف بزرگ اسلامی بود و در سال ۱۳۹۶ در جشنواره فارابی لوح تقدیر گرفت.
طباطبانی زبان پارسی را یکی از قدیمی‌ترین و استوارترین زبان‌ها می‌دانست که تبدیل به زبان فرهنگی همه ایرانیان شده است.
دکتر طباطبایی معتقد بود ایران زمین در معنی دقیق ایران بزرگ فرهنگی است که منظور از آن فقط محدوده جغرافیای سیاسی امروز ایران نیست، بلکه میراث همه اقوامی است که در آفرینش آن میراث، اشترک داشته‌اند، اگر چه به ملت‌های مستقل تبدیل شده‌اند.
مهمترین اثر دکتر طباطبانی «تاریخ اندیسه سیاسی در ایران» است شامل «درآمدی فلسفی بر تاریخ اندیشه سیاسی در ایران» و «در آمدی برتاریخ اندیشه سیاسی در ایران». از او ترجمه آثاری از لنین و مارکس و لونی آلتوسر نیز بر جای مانده است.
دکتر جواد طباطبانی از سال ۱۳۹۷ برای تکمیل پژوهش‌های خود و درمان بیماری سرطان که از آن رنج می‌برد، در آمریکا اقامت گزید.