آیت‌الله خامنه‌ای می‌گوید در انتخابات دخالت نمی‌کند مگر این که به گفته او عده‌ای بخواهند مقابل رای مردم بایستند و این مساله پیش از این هم اتفاق افتاده است.
آیت‌الله سیدعلی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی ایران روز سه‌شنبه ۱ فروردین در یک سخنرانی در مشهد عنوان کرد که او هرگز در ادوار مختلف انتخابات دخالت نکرده است و هیچ وقت هم به مردم نگفته به کسی رای بدهند یا ندهند.
او معترضان به نتایج انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۸۸ را افرادی نامید که می‌خواستند رای مردم را بشکنند و گفت که این موضوع باز هم سابقه داشته اما برخی از این موارد را مردم متوجه نشده‌اند.
بخش عمده سخنرانی رهبر جمهوری اسلامی به مسائل اقتصادی اختصاص داشت و با اشاره به مسائلی مانند ضرورت مبارزه با قاچاق کالا و ضعف در مدیریت کلان، بار دیگر بر سیاست «اقتصاد مقاومتی» تاکید کرد و گفت: «واردات کالاهایی که در داخل تولید می شود بایستی یک حرام شرعی و قانونی شناخته شود.»
اهمیت اشاره آقای خامنه‌ای به سلامت انتخابات در آنجاست که اردیبهشت ماه امسال انتخابات ریاست جمهوری در ایران برگزار می‌شود و مخالفان دولت روحانی با استناد به انتقادهای اقتصادی رهبری عنوان کرده‌اند که حسن روحانی نخستین رئیس جمهوری تک دوره‌ای جمهوری اسلامی خواهد بود.
میرحسین موسوی و مهدی کروبی، کاندیداهای انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۸۸ سلامت انتخابات را زیر سوال برده بودند اما آقای خامنه‌ای حتی پیش از آن که شورای نگهبان نتیجه انتخابات را تایید کند محمود احمدی‌نژاد را رئیس جمهوری دانست و صراحتا اعلام کرد که نظرش به او نزدیک تر است.
موسوی و کروبی به همراه زهرا رهنورد از زمستان ۱۳۸۹ در حصر خانگی قرار گرفته‌اند و برخی مقامات مانند علی مطهری، نائب رئیس مجلس ایران گفته‌اند که این تصمیم با دستور شخص آیت الله خامنه‌ای بوده است.
عملکرد فراقانونی و جانب‌دارانه نهادهای زیرنظر رهبری مانند شورای نگهبان و سپاه پاسداران در ادوار گذشته انتخابات، مورد انتقاد و اعتراض بسیار بوده است.
در گزارش حقوق بشر ایالات متحده برای سال ۲۰۱۶ که از سوی وزارت امور خارجه آمریکا منتشر شد، آمده است که «شهروندان ایرانی برای تعیین حکومت از طریق مسالمت‌آمیز و انتخابات آزاد و عادلانه با محدودیت مواجه هستند.»
