در شرایطی که انتخابات ریاست جمهوری در ایران قرار است پس از رد صلاحیت‌های بسیار گسترده و به تعبیری بی‌سابقه چند هفته دیگر برگزار شود، انتقادها از نقش پررنگ رهبر و نهاد رهبری در ایجاد «تناقض ساختاری» در جمهوری اسلامی ادامه دارد.
شش تن از هفت رئيس جمهوری قبلی ایران از محدودیت اختیارات انتقاد داشتند. با این که سمت ریاست جمهوری در دوران آیت الله روح الله خمینی و علی خامنه‌ای از حیث اختیارات روسای جمهوری متفاوت بوده است، اما چه در دهه شصت و چه در دو دهه اخیر، روسای جمهوری عمدتا با رهبر دچار اختلاف نظر شده‌اند.
نخستین رئيس جمهوری ایران، ابوالحسن بنی صدر بود. او هرچند بر عکس سایر جانشینان، توانست اختیار فرماندهی کل قوا را هم داشته باشد اما عملا با دخالت‌های نزدیکان خمینی برکنار شد.
دومین رئیس جمهوری محمدعلی رجایی بود که دوره ریاست جمهوری وی عمر چندانی نداشت. اما سومین رئیس جمهوری ایران، سید علی خامنه‌ای بود. در نخستین قانون اساسی جمهوری اسلامی، رئیس جمهوری به نسبت نخست وزیر اختیارات اجرایی کمتری داشت و همین موجب ناخرسندی خامنه‌ای شد. او بارها از این مساله انتقاد کرد و درگیری او با میرحسین موسوی، نخست وزیر وقت، نهایتاً با دخالت خمینی و حمایت او از موسوی روبرو شد. تعجبی نداشت که بعد از تکیه زدن آیت الله خامنه‌ای به کرسی رهبری، سمت نخست وزیری از قانون اساسی ایران (بعد از بازنگری سال ۱۳۶۸) حذف شد.
اکبر هاشمی رفسنجانی اگرچه در دوره هشت ساله ریاست جمهوری خود اعتراض چندانی نسبت به محدود بودن اختیاراتش نداشت، اما بعدها بارها نارضایتی خود را از این بایت ابراز کرد و بعدها در زمره مغضوبان رهبر درآمد.
محمد خاتمی شاید تنها رئیس جمهوری بود که از بابت کم بودن اختیارات ریاست جمهوری، حتی درصدد انجام اقدامات حقوقی برآمد. اما وقتی فهمید که رهبر موافق لایحه افزایش اختیارات ریاست جمهوری نیست، قید آن را زد.
محمود احمدی نژاد که با حمایت تام و کامل رهبر به قدرت رسید، بعد از شش سال خدمت به شدت با رهبر زاویه پیدا کرد، به طوری که صلاحیت او در انتخابات بعدی رد شد.
حسن روحانی، رئیس جمهوری فعلی ایران، کمتر زبان به شکایت از کاهش اختیاراتش گشوده است. اما عملا لوایح و طرح‌های کلیدی دولت او به دلیل مخالفت ضمنی یا آشکار رهبر، به بن‌بست خورده است. حتی دو لایحه بسیار مهم برای دولت او، یعنی الحاق ایران به کنوانسیون مبارزه با جرایم سازمان‌یافته فراملی (پالرمو) و کنوانسیون مقابله با تامین مالی تروریسم (تی‌اف‌سی)، به مجمع تشخیص مصلحت نظام، نهاد زیر نظر رهبر، سپرده شده و سرنوشت آنها مبهم است.
حشمت الله طبرزدی، فعال سیاسی و منتقد جمهوری اسلامی در تهران، مشکل را در «تناقض ساختاری» در جمهوری اسلامی می‌داند.
او می‌گوید بخشی از این تناقض این است که در قانون اساسی جمهوری اسلامی، رئیس جمهوری مسئول اجرای قانون اساسی است. اما در مقابل، همین قانون تاکید دارد که رهبر دارای قدرت مطلقه است و سه قوه زیر نظر رهبر باید فعالیت کنند. از سوی دیگر، نهادی به نام مجمع تشخیص مصلحت نظام پدید آمده که زیر نظر رهبر فعالیت دارد. چنین ساختاری عملا متناقض است و هر کس رئیس جمهوری بشود بعد از مدتی به مشکل می‌خورد.
به گفته این فعال سیاسی، «تقدس» دادن به جایگاه رهبر دیگر مشکلی است که روسای جمهوری را با محدودیت مواجه می‌کند. وی گفت، بنا بر جایگاهی که جمهوری اسلامی از نظر ایدئولوژیک برای ولی فقیه متصور است، ولی فقیه جای پیامبر نشسته و اختیارات او را دارد.
این فعال سیاسی می‌گوید، اقدامات رهبر قانونی نیست؛ اما کسی هم نمی‌تواند جلوی این اقدامات را بگیرد. او می‌گوید، در تاریخ جمهوری اسلامی تنها یک نفر می‌خواست در چهل سال پیش، جلوی اقدامات غیرقانونی رهبر را بگیرد و او ابوالحسن بنی صدر، رئیس جمهوری ایران، بود. اما فورا مجلس تحت امر روح الله خمینی و نیروهای وابسته به او، بنی صدر را استیضاح و عزل کردند. آقای طبرزدی افزود که اگر کسی خلاف نظر رهبر اقدام کند، سرکوب می‌شود.
این فعال سیاسی معتقد است افراد شرکت کننده در انتخابات ریاست جمهوری عملا نمی‌توانند مانع «اقدامات رهبر» شوند چون همه آنها از سوی شورای نگهبان انتخاب شده‌اند که خود اعضای این نهاد منصوبان رهبر هستند و عملا نامزدی را که احتمالا مخالف رهبر باشد تائید صلاحیت نمی‌کند.