در یک دهه گذشته، اندونزی برای مقابله با تروریسم، به جای ارتش، از نیروهای پلیس و پیگردهای قانونی استفاده کرده است و به‌نظر می‌رسد در کاستن از تهدید تروریسم محلی بسیار موفق نیز بوده است. با این حال، مقامات نگران هستند ظهور پیکارجویان گروه موسوم به دولت اسلامی در بخش‌هایی از عراق و سوریه، به تحرکات افراط‌گرایانه در اين بزرگترین کشور اسلامی جهان دامن بزند.
به گزارش برایان پدن خبرنگار صدای آمریکا از جاکارتا، در مدرسه شبانه‌روزی الحکیم در حومه جاکارتا، نوجوانان اندونزیایی ضمن فراگیری آموزش‌های اعتدال‌گرايانه اسلامی، یاد می‌گیرند چگونه با افراطگرایی اسلامی مقابله کنند.
عارف زمهری مدیر این برنامه، که بودجه‌اش توسط دولت تأمین می‌شود، می‌گوید این دانش‌آموزان بعد از تکمیل آموزش به عنوان مبلغ، برای سخنرانی به مساجد سراسر کشور اعزام می‌شوند.
به گفته او، ما تبلیغ «اسلام صلح‌آمیز» را در جامعه پخش می‌کنیم، اما «مشکل اینجاست که افراطگرايان با صدای بلند تبلیغ می‌کنند، ولی گروه‌های معتدل صدايشان در نمی‌آيد.»
آخرین حمله تروریستی عمده در اندونزی، که با بمب‌گذاری دو هتل همراه بود، در سال ۱۳۸۸ اتفاق افتاد.
دولت اندونزی با دستگیر کردن و نه کشتن رهبران تروریستی مانند ابوبکر بشیر، موفق شد تهدیدهای تروریستی را به حداقل برساند. محاکمه این افراد باعث شد که شورشیان خشونت‌گرا با مخالفت افکار عمومی روبه‌رو شوند.
اما امسال تهدید تروریستی در اندونزی بار دیگر سربرآورد. ویديویی از یکی از پیکارجویان داعش در سوریه، که ظاهراً شهروند اندونزی بود، روی اینترنت منتشر شد که مسلمانان را به قیام علیه دولت جاکارتا فرا می‌خواند.
سیدنی جونز، یکی از تحلیلگران مؤسسه سیاست‌گذاری تحلیل مناقشات، در جاکارتا با بیان این که این ویدیو یک زنگ خطر بود، گفت « مردم اندونزی برای نخستین بار دیدند که گروه دولت اسلامی حاکمیت ملی اندونزی را به‌چالش می‌کشد؛ این کار واکنش‌ها را برانگیخت. از آن زمان، پلیس شماری از حامیان داعش را دستگیر کرد. مقامات ممکن است گذرنامه‌های ۱۵۰ تبعه اندونزی را پس بگیرد که در سوریه به گروه داعش پیوسته‌اند.»
با وجود ابراز نگرانی گروه‌های حقوق بشری از تاکتیک‌های پلیس، اندونزی به استراتژی ضدتروریستی‌اش ادامه می‌دهد.
برخی از رهبران میانه رو اسلامی از سیاست دولت مبنی بر منع تأمین بودجه آموزش‌های مذهبی توسط گروه‌های خارجی بویژه ایران و عربستان سعودی حمایت کرده‌اند؛ اما این ممنوعیت شامل مبلغ های مذهبی مسیحی هم می‌شود.
سیدنی جونز می‌گوید مسلمانان اندونزی برای ابراز مخالفت با افراط‌گراییِ گروه «دولت اسلامی» به شبکه‌های اجتماعی رو آورده‌اند.
به گفته او «یکی از نکات جالب درباره داعش این است که بیشتر مسلمانان اندونزی از آن هراس دارند. تهدید تازه داعش به مردم اندونزی گوشزد کرد که هر چند ۵ سال است هیچ حمله تروریستی عمده‌ای در کشور اتفاق نیافتاده، اما جنگ آنها با تروریسم هنوز تمام نشده است.»