شورای همکاری خلیج فارس، حمله به سفارت عربستان در تهران و کنسولگری این کشور در عربستان را محکوم کرد و این حملات را "بربرانه" توصیف کرد.
عبدل الطیف الزیانی، دبیرکل شورای همکاری خلیج فارس مقامات ایران را مسئول کامل چنین "حملات تروریستی" به اماکن دیپلماتیک عربستان در ایران دانست.
او گفته است که قصور مقامات ایران در جلوگیری از وقوع چنین حملاتی "نقض فاحش تعهدات ایران در حفاظت از اماکن دیپلماتیک تحت کنوانسیون ۱۹۶۱ وین و قوانین بین المللی است."
به دنبال اعدام شیخ نمر، روحانی شیعه معترض در عربستان سعودی، گروهی در تهران به سفارت عربستان حمله کردند و آن را به آتش کشیدند. تظاهرات اعتراضی دیگری نیز در مشهد برپا شد.
حسن روحانی حمله به سفارت عربستان را محکوم کرد و مقامات ایرانی می گویند که تاکنون ۴۰ نفر را در این باره بازداشت کرده اند و تحقیقات همچنان ادامه دارد. هجوم به سفارت عربستان همچنین باعث شد که فدریکا موگرینی، مسئول سیاست خارجی اتحادیه اروپا در گفتگوی تلفنی با محمد جواد ظریف، اقدامات ایران برای حفاظت از دیپلمات های سعودی را جویا شود.
آیت الله خامنه ای، رهبر جمهوری اسلامی و سپاه پاسداران انقلاب اسلامی عربستان را تهدید کرده اند که عقوبت اعدام شیخ نمر را خواهد دید.
شورای همکاری خلیج فارس گفته است واکنش مقامات ایران به اعدام شیخ نمر "دخالت بی شرمانه" در امور داخلی عربستان است و آنها مشوق حمله به اماکن دیپلماتیک عربستان در ایران بودند.
این شورا همچنین گفته است از اقدامات اخیر عربستان "در مبارزه با تروریسم" و "عاملان فتنه" حمایت می کند. عربستان شیخ نمر، روحانی منتقد حکومت را به "فتنه" متهم کرده بود.
اعدام شیخ نمر علاوه بر ایران موجب برپایی اعتراضاتی از جمله در هند، بحرین، و لندن نیز شد.