آیت الله خامنه ای می گوید وقف دانشگاه آزاد اسلامی از «لحاظ فقهی و حقوقی» صحیح نیست. رهبر جمهوری اسلامی در نامه ای که رو نوشت آن برای اکبرهاشمی رفسنجانی، رییس مجلس خبرگان رهبری و محمود احمدی نژاد، رییس جمهوری اسلامی ایران ارسال شده، اعلام کرده است دو هیئت فقهی و حقوقی، مسئله وقف دانشگاه آزاد را بررسی کرده اند و صحیح نبودن این وقف، نتیجه ای «قطعی» است.
چند روز پیش، اکبرهاشمی رفسنجانی، در حمایت از وقف دانشگاه آزاد اسلامی اعلام کرده بود:« کسی نمی تواند وقف این دانشگاه را به هم بزند». به گفته آقای رفسنجانی: «اگر کسی بتواند آن(وقف) را به هم بزند، از خداوند قوی تر است و از او پس می گیرد».
اکبرهاشمی رفسنجانی که ریاست مجمع تشخیص مصلحت نظام را نیز بر عهده دارد، در مراسم افتتاح دانشگاه آزاد اسلامی واحد بابل همچنین گفت: وقف دانشگاه آزاد، بر اساس فتوای آیت الله خامنه ای و 4 نفر از اعضای این هیئت امنای دانشگاه صورت گرفته است.
اما اکنون آیت الله خامنه ای می گوید که این وقف هم به «لحاظ مشروعيت» و هم از «جهت صلاحيت هيئت موسس دانشگاه»، دارای «اشكالات اساسی فقهی و حقوقی» است.
دانشگاه آزاد اسلامی، یک دانشگاه غیردولتی و ازجمله نهاد هایی است که منتقدان به سیاست های دولت محمود احمدی نژاد در آن حضور دارند. اکبر هاشمی رفسنجانی، عبدالله جاسبی و میرحسین موسوی در تاسیس این دانشگاه نقش داشتند.
دانشگاه آزاد اخیرا اعلام کرده بود که استادانی که توسط دانشگاه های دولتی بازنشسته شده اند را جذب خواهد کرد.
شهریه به نسبت بالای دانشگاه آزاد اسلامی، از جمله مواردی بوده که همواره به آن اعتراض شده است.