از آغاز اعتراضات سراسری در ۲۶ شهریور تاکنون، دستکم ۴۴ وکیل دادگستری در ایران بازداشت شده‌اند تا سیستم قضایی کشور با بحران مشروعیت روبرو شود. بحرانی که به گفته یک عضو مجلس، مردم را «عصبانی» کرده است چرا که قانون «سلیقه‌ای» اجرا می‌شود.
مسعود پزشکیان معتقد است «ادامه تندروی‌ها و برخوردهای خارج از چارچوب وضع را بدتر می‌کند.»
بازداشت وکلا و الزام بازداشت شدگان به استفاده از وکیل تسخیری مورد تایید نظام با انتقادهای فراوانی روبرو شد بطوریکه معاون اول قوه قضائیه مجبور به موضع‌گیری شد و گفت: «قوه قضائیه به هیچ عنوان به دنبال ایجاد انحصار در خصوص دفاع از حقوق مردم نیست و از کانون‌های وکلا و مرکز وکلای قوه قضائیه درخواست داریم، افرادی را که مورد تأیید خودشان هستند به عنوان وکلای مشمول تبصره ماده ۴۸ قانون آیین دادرسی کیفری معرفی کنند.»
پزشکیان اما رفتار قضایی را عامل بروز بحران دانست و گفت: «ببینید مشکلی که وجود دارد، اجرای قانون است. ما در قانون اساسی داریم که حق ندارند کسی را بیش از ۲۴ ساعت بازداشت کنند و در بازداشت نگهدارند. یا اینکه متهم حتما باید بتواند وکیل داشته باشد و تفهیم اتهام شود. خب ما اگر به همین قانون اساسی عمل کنیم، مردم اینطور عصبانی نمی‌شوند.»
به باور او «مشکل اینجاست که ما یک قانون نوشتیم اما یک کار دیگر و یک جور دیگر عمل می‌کنیم. اشتباهات ماست که باعث شده جامعه به التهاب افتاده است، اگر ما درست عمل می‌کردیم امکان نداشت این اتفاقات رقم بخورد.»
اعتراض به سیستم قضایی و عملکرد آن این روزها به اوج رسیده و محسن برهانی، حقوقدان و استاد دانشگاه تهران، یکی از افرادی است که در ایران به طور جدی و علنی رویه قوه قضاییه در صدور احکام اعدام برای معترضان را زیر سوال برده است.
به گفته محسن برهانی، ایران پس از اعتراضات سراسری ۱۴۰۱ با «چند چالش حقوقی» مواجه شده است.
او در گفت‌وگو با روزنامه اعتماد چاپ تهران، با اشاره به تبصره ماده ۴۸، گفت که این تبصره «برای مرحله دادسرا است» اما مقامات آن را «به دادگاه نیز تسری می‌دهند» و «می‌گویند در دادگاه هم وکلای مورد تأیید قوه قضاییه باید وکالت کنند» که این رویه «قطعا» مخالف قانون اساسی و قانون کیفری است.
بنابر گزارش «هرانا» از زمان آغاز اعتراضات سراسری در شهریور ماه، دستکم ۱۸ هزار نفر توسط نهادی امنیتی و نظامی به دلیل حضور در اعتراضات مسالمت‌‌آمیز یا پشتیبانی از آن بازداشت شده‌اند که هویت بسیاری از آنها مشخص نشده است. مدافعان حقوق بشر و نهادهای حقوق بشری به طور مستمر در مورد وضعیت نگهداری، بازجویی و اعمال شکنجه علیه بازداشتی‌ها هشدار داده‌اند و به دلیل رعایت نشدن حداقل‌های استاندارد دادرسی عادلانه، روند قضایی بررسی پرونده معترضان را فاقد وجاهت قانونی دانسته‌اند.
غلامحسین محسنی‌اژه‌ای، رئیس قوه قضاییه جمهوری اسلامی در جلسه ۱۶ آبان شورای عالی قضایی خطاب به دادگاه‌ها گفته بود: «هر چه زودتر در راستای محاکمه و مجازات بازدارنده عناصر و مسببین اغتشاشات اخیر اقدام کنند.»
