علی مطهری می گوید تفهیم اتهام به موسوی و کروبی در شورای عالی امنیت ملی خلاف قانون اساسی است و بوی استبداد می‌دهد.
به گزارش خبرگزاری آنا، آقای مطهری تصریح کرد «این که هر کس را خواستیم دور هم می‌نشینیم و بدون حضور آنها تفهیم اتهام می‌کنیم و کیفرخواست و بعد حکم زندان یا اعدام صادر می‌کنیم. یعنی یک شورا هم مسئول امنیت ملی است و هم حکم قضایی صادر می‌کند. اگر می‌خواستیم این طور باشد، چه نیازی به انقلاب بود؟ انقلاب کردیم که قانون حاکم باشد. بنابرابن چنین دادگاهی فقط در قوه خیال آقای طائب بوده و وجود خارجی نداشته است».
علی مطهری با استقبال از پیشنهاد میرحسین موسوی مبنی بر تشکیل دادگاه گفته است این که آقای موسوی محاکمه را پذیرفته است، یک گام به پیش است. اما این دادگاه طبق قانون اساسی باید علنی باشد و قاضی آن هم باید عادل و باتجربه باشد. به طوری که این تلقی ایجاد نشود که حکمش از قبل معلوم است. بهتر است قاضی این دادگاه از میان چند نفری که متهمان حوادث سال ۸۸ را محاکمه کرده‌اند و مشهور به سخت‌گیری هستند نباشد. وی همچنین گفته است باید طرف‌های دیگر ماجرا مانند آقای احمدی‌نژاد و نهادهایی که دخالت داشته‌اند نیز هم زمان محاکمه شوند.
وی پیشنهاد داده که با توجه به این که حصر با نظر شورای عالی امنیت ملی بوده، شورای عالی امنیت ملی باید حکم خود را تغییر دهد و به تأیید رهبری برساند. «من فکر می‌کنم دلیل حصر، بیشتر این است که فکر می‌کنند اگر این ها بدون عذرخواهی آزاد شوند، نظام آسیب می‌بیند؛ در حالی که این‌طور نیست. هر نظامی منتقدانی دارد و تا زمانی که دست به سلاح نبرده‌اند، باید آزاد باشند».
این در حالی است که صادق آملی لاریجانی رییس قوه قضاییه روز چهارشنبه تاکید کرد: «فتنه ۸۸ دعوای شخصی نیست که بگوییم گذشته‌ها گذشته است؛ عده ای در رسانه ها و مجامع عنوان می کنند که این حصر خلاف قانون است و این افراد بسیار اشتباه می کنند؛ چرا که در حصر هیچ خلاف قانونی صورت نگرفته و مصوبه جلسه ای از شورای عالی امنیت ملی بود که ما نیز در آن حضور داشتیم و بر اساس مصالح در آن جلسه تصمیم گیری شد.»
رئیس قوه قضاییه همچنین گفته است «ما در محاکمه سران فتنه هیچ مشکل و ترسی نداریم، پرونده های این افراد را به اندازه کافی مملو از موارد اتهامی می دانیم»
میر حسین موسوی، زهرا رهنورد و مهدی کروبی از ۲۵ بهمن ماه سال ۸۹ تحت حصر خانگی قرار دارند.