سید علی خامنه ای خوش اقبال ترین همراه آیت الله خمینی بود. او که در روز پیروزی انقلاب تنها بخاطر سابقه سخنوری اش به جمع روحانیون تصمیم گیر انقلاب پیوسته بود، حدود ده سال بعد، رهبر جمهوری اسلامی ایران شد.
علی خامنه ای ۲۴ تیرماه ۱۳۱۸ در مشهد بدنیا آمد. پدرش جواد خامنه ای یک روحانی معمولی در مشهد بود اما نسب مادری اش به روحانیون مطرح تری می رسد که عمدتا در نجف بودند.
دوران کودکی او به سختی و فقر گذشت. تحصیلاتش را تا مقطع دیپلم ادامه داد اما همزمان تحصیلات مذهبی هم داشت. در حوزه علمیه مشهد، شاگرد آیت الله میلانی از مراجع وقت بود.
سال ۱۳۳۶ سفری به نجف داشت و قصد ادامه تحصیل در آن شهر داشت که با مخالفت پدرش به ایران بازگشت و در سالهای ۳۷ تا ۴۳ در حوزه علمیه قم، فقه و اصول و فلسفه خواند.
علی خامنه ای در جوانی چندبار بازداشت شد
در این دوره او در درس افرادی چون آیت الله بروجردی و مرتضی حائری یزدی و علامه طباطبایی شرکت کرد اما آنچه زندگی و آینده او را تغییر داد، حضورش در کلاس آیت الله تازه معروف شده ای بنام روح الله خمینی بود.
همچون دیگر شاگردان آیت الله خمینی او از سال ۴۲ به مخالفت علنی با نظام شاهنشاهی پرداخت. چندین بار بازداشت شد. طولانی ترین دوره بازداشت او در سال ۵۳ بود که ده ماه در زندان کمیته مشترک ضدخرابکاری نگهداری شد.
آخرین بازداشت او در سال ۵۶ بود که به شهر ایرانشهر در استان سیستان و بلوچستان تبعید شد. بعدها با افزایش اعتراض های انقلابی ها، او نیز در میانه سال ۵۷ آزاد شد و به مشهد برگشت.
حضور در حلقه انقلاب
علی خامنه ای روحانی سرشناسی در زمان انقلاب نبود اما آشنایی او با اکبر هاشمی رفسنجانی و مرتضی مطهری زمینه حضور او در حلقه انقلابی ها شد.
هرچند برخی منابع از حضور او در شورای انقلاب نوشته اند اما علی خامنه ای هرگز از ابتدا عضو این حلقه نبود.
آیت الله خمینی قبل از بازگشت به ایران پنج نفر را به عنوان «هسته اولیه شورای انقلاب اسلامی» منصوب کرد: مرتضی مطهری، محمد بهشتی، محمدجواد باهنر، اکبر هاشمی رفسنجانی و عبدالکریم موسوی اردبیلی.
اکبر هاشمی رفسنجانی می گوید خمینی به این شورا اجازه داده بود که با اتفاق نظر این پنج نفر، افراد دیگری به شورای انقلاب اضافه شود که بعد از این، نام خامنه ای به همراه چند چهره روحانی و غیر روحانی دیگر به اعضای شورای انقلاب اضافه می شود.
هرچند بعد از پیروزی انقلاب دولت موقت به نخست وزیر مهدی بازرگان تشکیل شد اما شورای انقلاب نقش مهمی داشت و حکم مجلس را تا زمان اولین دوره مجلس شورای ملی بعد از انقلاب داشت.
در همان اسفند ماه سال ۵۷، این پنج نفر: بهشتی، موسوی اردبیلی، هاشمی رفسنجانی، خامنه ای و باهنر حزب جمهوری اسلامی را تشکیل دادند که در واقع حزب روحانیون نزدیک به آیت الله خمینی بود، در مقابل احزاب ملی و گروه های چپ آن زمان.
سال پر مشغله
سال ۵۸، پر مشغله ترین سال زندگی خامنه ای بود.
او که به مسایل نظامی و امنیتی علاقه داشت همزمان با حضور در شورای انقلاب، به وزارت دفاع رفت و معاون این وزارتخانه شد.
بعد از مرگ آیت الله محمود طالقانی امام جمعه تهران، آیت الله خمینی بخاطر توانایی علی خامنه ای، او را به عنوان یکی از امامان جمعه تهران منصوب کرد.
سیزده آبان ۵۸ و گروگانگیری کارکنان سفارت آمریکا در تهران که اتفاق افتاد، ابتدا آیت الله خمینی او را برای دیدار با دانشجویان موسوم به «پیروان خط امام» فرستاد. دانشجویان که با محمد موسوی خوئینی ها هماهنگ بودند از پذیرش او خودداری کردند. همین به کینه ای در دل او منجر شد و در وقایع سال ۸۸، برخی از دست اندرکاران اشغال سفارت که در بازداشت بودند در بازجویی ها از این کینه سی ساله خامنه ای آگاه شدند.
بعد از استعفا و کناره گیری دولت موقت، اداره کشور تا انتخاب رییس جمهوری به دست شورای انقلاب افتاد. او حدود سه ماه همزمان با سایر مقام هایش، سرپرستی نهاد تازه تاسیس سپاه پاسداران انقلاب اسلامی را برعهده داشت.
انتخابات اولین دوره مجلس شورای ملی در پیش بود. او بهمن ماه از سمت اش استعفا داد و نامزد انتخابات شد. در این انتخابات او موفقیت کسب کرد و بعد از فخرالدین حجازی، حسن حبیبی، مهدی بازرگان و علی اکبر معین فر، به عنوان منتخب پنجم از شهر تهران وارد اولین دوره مجلس بعد از انقلاب شد.
نمایندگی؛ تریبون انتقاد
با افزایش اختلافات بین انقلابی ها، روحانیون نزدیک به آیت الله خمینی تلاش زیادی کردند تا رقبا را از صحنه خارج کنند. اولین رقیب آنها، اولین رییس جمهوری اسلامی ایران بود.
در روزهایی که اختلاف ابوالحسن بنی صدر و محمد بهشتی زیاد می شد هر چند هاشمی رفسنجانی در خفا برنامه های خود را پیش می برد، علی خامنه ای به انتقاد عمومی از بنی صدر می پرداخت.
خامنه ای چندین نطق تند علیه بنی صدر در مجلس داشت و از هر فرصتی در نماز جمعه تهران برای انتقاد از بنی صدر استفاده می کرد تا در نهایت روز ۳۰ خرداد مجلس شورای ملی، عدم کفایت بنی صدر را به بحث گذاشت.
در آن روز، علی خامنه ای در صدر مخالفان سخنرانی معروفی در مجلس کرد که به نوعی نشان دهنده برنامه روحانیون نزدیک به خمینی برای تصاحب دولت را نشان می داد.
او در آن روز گفت: «آقا بدونید، آقایان. آقای بنی صدر و دوستان ایشان، حرفی که نزده باشند، ندارند. ما هستیم که هزاران حرف نزده داریم. صد بار لب گشودم و بیرون نریختم... خونها که موج می زند از سینه تا لبم.» (این فیلم)
مجلس آن روز با ۱۷۷ رای بر عدم کفایت بنی صدر داد و یک روز بعد آیت الله خمینی حکم عزل بنی صدر را امضا کرد.
ردای ریاست جمهوری
دیگر علی خامنه ای با ریاست جمهوری فاصله ای نداشت اما یک حادثه نزدیک بود به مرگ او منجر شود.
بعد از عزل بنی صدر گروه های مسلح مخالف خمینی روی به ترور و حذف فیزیکی آوردند. در روز ششم تیر ۶۰، علی خامنه ای در مسجدی بنام ابوذر در محله فلاح تهران ترور شد. او جان سالم بدر برد اما دست راست او برای همیشه فلج شد.
یک روز بعد هم محمد بهشتی و برخی اعضای حزب جمهوری اسلامی ترور شدند. با اینکه محمدعلی رجایی بعد از بنی صدر به ریاست جمهوری رسید اما ۱۹ روز بعد او هم در هشتم شهریور ۶۰ ترور شد تا بالاخره آیت الله خمینی رضایت به ریاست جمهوری یک روحانی بدهد.
پیش از این، در دوره اول انتخابات ریاست جمهوری، محمد بهشتی قصد داشت نامزد انتخابات شود اما آیت الله خمینی نپذیرفت که یک روحانی رییس دولت باشد. به همین دلیل محمد بهشتی را به عنوان رییس شورای عالی قضایی منصوب کرد که معادل رییس قوه قضاییه امروز بود. در سوی دیگر هم، اکبر هاشمی رفسنجانی رییس مجلس شده بود.
بعد از ترور رجایی و در نبود روحانی هایی چون بهشتی، مطهری و باهنر، آیت الله خمینی پذیرفت که در سومین دوره انتخابات، علی خامنه ای نامزد انتخابات شود. انتخاباتی که تقریبا صوری بود.
در این انتخابات سید علی اکبر پرورش، حسن غفوری فرد و سید رضا زواره ای که هیچکدام رقیب جدی برای او محسوب نمی شدند. شورای نگهبان در این انتخابات از ۴۶ داوطلب، صلاحیت ۴۲ نفر را رد کرد.
خامنه ای توانست ۱۵ میلیون رای کسب کند و به مقام ریاست جمهوری برسد. او میرحسین موسوی که از اقوامش محسوب می شد و پیش از این به عنوان وزیر امورخارجه شروع به کار کرده بود را به عنوان نخست وزیر برگزید.
چهارسال بعد هم خامنه ای در انتخابات پیروز شد. اینبار هم شورای نگهبان از میان پنجاه نامزد تنها صلاحیت سه تن را تایید کرد: علی خامنه ای، حبیب الله عسگراولادی و سید محمود کاشانی.
با اینکه خامنه ای برای ریاست جمهوری دوباره، سختی نداشت اما برای تعیین نخست وزیر به مشکل خورد. او که از عملکرد میرحسین موسوی راضی نبود، سعی کرد نخست وزیر را تغییر دهد اما موسوی که از حمایت اکبر هاشمی رفسنجانی و خمینی برخوردار بود، در سمت خود ماند و خامنه ای تا پایان رهبری اش، او را تحمل کرد.
یکی از وقایع بحث برانگیز در دوران ریاست جمهوری خامنه ای، کشتار صدها مخالف سیاسی در تابستان سال ۶۷ است. کمیته ای سه نفره زیر نظر قوه قضاییه و وزارت اطلاعات به دستور خمینی بعد از پایان جنگ و عملیات ناکام مجاهدین خلق، به جوخه های اعدام سپرده شدند. از میان مقام های وقت ایران، تنها حسینعلی منتظری به این اعدام ها اعتراض کرد.
در خاطرات منتظری آمده است که سه ماه بعد از اعدام ها، علی خامنه ای به او مراجعه کرده و از اعدام مخالفان ابراز بی اطلاعی کرده است. اما در حاشیه این روایت منتظری گفته است بعید است که او اطلاعی از ماجرا نداشته باشد.
مقام هایی که از آن دوران زنده اند، هنوز درباره آن سخن نگفته اند. در آن زمان عبدالکریم موسوی اردبیلی رییس شورای عالی قضایی بود و هاشمی و موسوی روسای مجلس و دولت بودند.
اطلاعات و جنگ
یک دوره کوتاه حضور او در وزارت دفاع و بعد سرپرستی سپاه در سال ۵۸، تجربه ای بود که علی خامنه ای را به فعالیت های امنیتی علاقمند کرد.
در قانون قبلی اساسی جمهوری اسلامی، رییس جمهوری اختیار چندانی در اداره امور دولت نداشت اما علی خامنه ای همواره سعی داشت تا در امور نظامی و امنیتی دخالت کند. از او به عنوان یکی از حامیان تشکیل وزارت اطلاعات در سال ۶۲ نام می برند.
همچنین علی خامنه ای در دوران جنگ عراق و ایران، بارها در مناطق جنگی حضور داشت.
همزمان با هشت سال ریاست جمهوری، خامنه ای سمت های دیگری هم از جمله ریاست شورای انقلاب فرهنگی، ریاست مجمع تشخیص مصلحت نظام، و سپس ریاست شورای بازنگری قانون اساسی داشت.
رهبری ناگهانی
در حالیکه سال ۶۸، او به پایان دوره ریاست جمهوری اش نزدیک می شد مرگ آیت الله خمینی و دوستی رییس خامنه ای با هاشمی رفسنجانی به دادش رسید.
روایت ها حکایت از آن داشت که خمینی به نزدیکانش توصیه کرده بود شورایی تشکیل شود تا عهده دار امور رهبری شود اما اکبر هاشمی رفسنجانی که آن روزها همزمان با ریاست مجلس، عضو مجلس خبرگان هم بود، در جلسه انتخاب رهبر، روایتی را نقل کرد که بر تصمیم اعضای مجلس خبرگان رهبری تاثیر گذاشت.
او ابتدا استدلال کرد که شورای رهبری در شرایطی که نظام هنوز ضعیف است، موجب تضعیف بیشتر نظام می شود. بعد روایتی با واسطه از آیت الله خمینی نقل کرد که رهبری به قامت علی خامنه ای برازنده است.
تا ۱۴ خرداد ۶۸ از علی خامنه ای با مقام مذهبی «حجت الاسلام والمسلمین» یاد می شد اما بعد از رای مجلس خبرگان رهبری، او به نام آیت الله خامنه ای، رهبر جمهوری اسلامی شد.
علی خامنه ای ۲۴ تیرماه ۱۳۱۸ در مشهد بدنیا آمد. پدرش جواد خامنه ای یک روحانی معمولی در مشهد بود اما نسب مادری اش به روحانیون مطرح تری می رسد که عمدتا در نجف بودند.
دوران کودکی او به سختی و فقر گذشت. تحصیلاتش را تا مقطع دیپلم ادامه داد اما همزمان تحصیلات مذهبی هم داشت. در حوزه علمیه مشهد، شاگرد آیت الله میلانی از مراجع وقت بود.
سال ۱۳۳۶ سفری به نجف داشت و قصد ادامه تحصیل در آن شهر داشت که با مخالفت پدرش به ایران بازگشت و در سالهای ۳۷ تا ۴۳ در حوزه علمیه قم، فقه و اصول و فلسفه خواند.
علی خامنه ای در جوانی چندبار بازداشت شد
در این دوره او در درس افرادی چون آیت الله بروجردی و مرتضی حائری یزدی و علامه طباطبایی شرکت کرد اما آنچه زندگی و آینده او را تغییر داد، حضورش در کلاس آیت الله تازه معروف شده ای بنام روح الله خمینی بود.
همچون دیگر شاگردان آیت الله خمینی او از سال ۴۲ به مخالفت علنی با نظام شاهنشاهی پرداخت. چندین بار بازداشت شد. طولانی ترین دوره بازداشت او در سال ۵۳ بود که ده ماه در زندان کمیته مشترک ضدخرابکاری نگهداری شد.
آخرین بازداشت او در سال ۵۶ بود که به شهر ایرانشهر در استان سیستان و بلوچستان تبعید شد. بعدها با افزایش اعتراض های انقلابی ها، او نیز در میانه سال ۵۷ آزاد شد و به مشهد برگشت.
حضور در حلقه انقلاب
علی خامنه ای روحانی سرشناسی در زمان انقلاب نبود اما آشنایی او با اکبر هاشمی رفسنجانی و مرتضی مطهری زمینه حضور او در حلقه انقلابی ها شد.
هرچند برخی منابع از حضور او در شورای انقلاب نوشته اند اما علی خامنه ای هرگز از ابتدا عضو این حلقه نبود.
آیت الله خمینی قبل از بازگشت به ایران پنج نفر را به عنوان «هسته اولیه شورای انقلاب اسلامی» منصوب کرد: مرتضی مطهری، محمد بهشتی، محمدجواد باهنر، اکبر هاشمی رفسنجانی و عبدالکریم موسوی اردبیلی.
اکبر هاشمی رفسنجانی می گوید خمینی به این شورا اجازه داده بود که با اتفاق نظر این پنج نفر، افراد دیگری به شورای انقلاب اضافه شود که بعد از این، نام خامنه ای به همراه چند چهره روحانی و غیر روحانی دیگر به اعضای شورای انقلاب اضافه می شود.
هرچند بعد از پیروزی انقلاب دولت موقت به نخست وزیر مهدی بازرگان تشکیل شد اما شورای انقلاب نقش مهمی داشت و حکم مجلس را تا زمان اولین دوره مجلس شورای ملی بعد از انقلاب داشت.
در همان اسفند ماه سال ۵۷، این پنج نفر: بهشتی، موسوی اردبیلی، هاشمی رفسنجانی، خامنه ای و باهنر حزب جمهوری اسلامی را تشکیل دادند که در واقع حزب روحانیون نزدیک به آیت الله خمینی بود، در مقابل احزاب ملی و گروه های چپ آن زمان.
سال پر مشغله
سال ۵۸، پر مشغله ترین سال زندگی خامنه ای بود.
او که به مسایل نظامی و امنیتی علاقه داشت همزمان با حضور در شورای انقلاب، به وزارت دفاع رفت و معاون این وزارتخانه شد.
بعد از مرگ آیت الله محمود طالقانی امام جمعه تهران، آیت الله خمینی بخاطر توانایی علی خامنه ای، او را به عنوان یکی از امامان جمعه تهران منصوب کرد.
سیزده آبان ۵۸ و گروگانگیری کارکنان سفارت آمریکا در تهران که اتفاق افتاد، ابتدا آیت الله خمینی او را برای دیدار با دانشجویان موسوم به «پیروان خط امام» فرستاد. دانشجویان که با محمد موسوی خوئینی ها هماهنگ بودند از پذیرش او خودداری کردند. همین به کینه ای در دل او منجر شد و در وقایع سال ۸۸، برخی از دست اندرکاران اشغال سفارت که در بازداشت بودند در بازجویی ها از این کینه سی ساله خامنه ای آگاه شدند.
بعد از استعفا و کناره گیری دولت موقت، اداره کشور تا انتخاب رییس جمهوری به دست شورای انقلاب افتاد. او حدود سه ماه همزمان با سایر مقام هایش، سرپرستی نهاد تازه تاسیس سپاه پاسداران انقلاب اسلامی را برعهده داشت.
انتخابات اولین دوره مجلس شورای ملی در پیش بود. او بهمن ماه از سمت اش استعفا داد و نامزد انتخابات شد. در این انتخابات او موفقیت کسب کرد و بعد از فخرالدین حجازی، حسن حبیبی، مهدی بازرگان و علی اکبر معین فر، به عنوان منتخب پنجم از شهر تهران وارد اولین دوره مجلس بعد از انقلاب شد.
نمایندگی؛ تریبون انتقاد
با افزایش اختلافات بین انقلابی ها، روحانیون نزدیک به آیت الله خمینی تلاش زیادی کردند تا رقبا را از صحنه خارج کنند. اولین رقیب آنها، اولین رییس جمهوری اسلامی ایران بود.
در روزهایی که اختلاف ابوالحسن بنی صدر و محمد بهشتی زیاد می شد هر چند هاشمی رفسنجانی در خفا برنامه های خود را پیش می برد، علی خامنه ای به انتقاد عمومی از بنی صدر می پرداخت.
خامنه ای چندین نطق تند علیه بنی صدر در مجلس داشت و از هر فرصتی در نماز جمعه تهران برای انتقاد از بنی صدر استفاده می کرد تا در نهایت روز ۳۰ خرداد مجلس شورای ملی، عدم کفایت بنی صدر را به بحث گذاشت.
در آن روز، علی خامنه ای در صدر مخالفان سخنرانی معروفی در مجلس کرد که به نوعی نشان دهنده برنامه روحانیون نزدیک به خمینی برای تصاحب دولت را نشان می داد.
او در آن روز گفت: «آقا بدونید، آقایان. آقای بنی صدر و دوستان ایشان، حرفی که نزده باشند، ندارند. ما هستیم که هزاران حرف نزده داریم. صد بار لب گشودم و بیرون نریختم... خونها که موج می زند از سینه تا لبم.» (این فیلم)
مجلس آن روز با ۱۷۷ رای بر عدم کفایت بنی صدر داد و یک روز بعد آیت الله خمینی حکم عزل بنی صدر را امضا کرد.
ردای ریاست جمهوری
دیگر علی خامنه ای با ریاست جمهوری فاصله ای نداشت اما یک حادثه نزدیک بود به مرگ او منجر شود.
بعد از عزل بنی صدر گروه های مسلح مخالف خمینی روی به ترور و حذف فیزیکی آوردند. در روز ششم تیر ۶۰، علی خامنه ای در مسجدی بنام ابوذر در محله فلاح تهران ترور شد. او جان سالم بدر برد اما دست راست او برای همیشه فلج شد.
یک روز بعد هم محمد بهشتی و برخی اعضای حزب جمهوری اسلامی ترور شدند. با اینکه محمدعلی رجایی بعد از بنی صدر به ریاست جمهوری رسید اما ۱۹ روز بعد او هم در هشتم شهریور ۶۰ ترور شد تا بالاخره آیت الله خمینی رضایت به ریاست جمهوری یک روحانی بدهد.
پیش از این، در دوره اول انتخابات ریاست جمهوری، محمد بهشتی قصد داشت نامزد انتخابات شود اما آیت الله خمینی نپذیرفت که یک روحانی رییس دولت باشد. به همین دلیل محمد بهشتی را به عنوان رییس شورای عالی قضایی منصوب کرد که معادل رییس قوه قضاییه امروز بود. در سوی دیگر هم، اکبر هاشمی رفسنجانی رییس مجلس شده بود.
بعد از ترور رجایی و در نبود روحانی هایی چون بهشتی، مطهری و باهنر، آیت الله خمینی پذیرفت که در سومین دوره انتخابات، علی خامنه ای نامزد انتخابات شود. انتخاباتی که تقریبا صوری بود.
در این انتخابات سید علی اکبر پرورش، حسن غفوری فرد و سید رضا زواره ای که هیچکدام رقیب جدی برای او محسوب نمی شدند. شورای نگهبان در این انتخابات از ۴۶ داوطلب، صلاحیت ۴۲ نفر را رد کرد.
خامنه ای توانست ۱۵ میلیون رای کسب کند و به مقام ریاست جمهوری برسد. او میرحسین موسوی که از اقوامش محسوب می شد و پیش از این به عنوان وزیر امورخارجه شروع به کار کرده بود را به عنوان نخست وزیر برگزید.
چهارسال بعد هم خامنه ای در انتخابات پیروز شد. اینبار هم شورای نگهبان از میان پنجاه نامزد تنها صلاحیت سه تن را تایید کرد: علی خامنه ای، حبیب الله عسگراولادی و سید محمود کاشانی.
با اینکه خامنه ای برای ریاست جمهوری دوباره، سختی نداشت اما برای تعیین نخست وزیر به مشکل خورد. او که از عملکرد میرحسین موسوی راضی نبود، سعی کرد نخست وزیر را تغییر دهد اما موسوی که از حمایت اکبر هاشمی رفسنجانی و خمینی برخوردار بود، در سمت خود ماند و خامنه ای تا پایان رهبری اش، او را تحمل کرد.
یکی از وقایع بحث برانگیز در دوران ریاست جمهوری خامنه ای، کشتار صدها مخالف سیاسی در تابستان سال ۶۷ است. کمیته ای سه نفره زیر نظر قوه قضاییه و وزارت اطلاعات به دستور خمینی بعد از پایان جنگ و عملیات ناکام مجاهدین خلق، به جوخه های اعدام سپرده شدند. از میان مقام های وقت ایران، تنها حسینعلی منتظری به این اعدام ها اعتراض کرد.
در خاطرات منتظری آمده است که سه ماه بعد از اعدام ها، علی خامنه ای به او مراجعه کرده و از اعدام مخالفان ابراز بی اطلاعی کرده است. اما در حاشیه این روایت منتظری گفته است بعید است که او اطلاعی از ماجرا نداشته باشد.
مقام هایی که از آن دوران زنده اند، هنوز درباره آن سخن نگفته اند. در آن زمان عبدالکریم موسوی اردبیلی رییس شورای عالی قضایی بود و هاشمی و موسوی روسای مجلس و دولت بودند.
اطلاعات و جنگ
یک دوره کوتاه حضور او در وزارت دفاع و بعد سرپرستی سپاه در سال ۵۸، تجربه ای بود که علی خامنه ای را به فعالیت های امنیتی علاقمند کرد.
در قانون قبلی اساسی جمهوری اسلامی، رییس جمهوری اختیار چندانی در اداره امور دولت نداشت اما علی خامنه ای همواره سعی داشت تا در امور نظامی و امنیتی دخالت کند. از او به عنوان یکی از حامیان تشکیل وزارت اطلاعات در سال ۶۲ نام می برند.
همچنین علی خامنه ای در دوران جنگ عراق و ایران، بارها در مناطق جنگی حضور داشت.
همزمان با هشت سال ریاست جمهوری، خامنه ای سمت های دیگری هم از جمله ریاست شورای انقلاب فرهنگی، ریاست مجمع تشخیص مصلحت نظام، و سپس ریاست شورای بازنگری قانون اساسی داشت.
رهبری ناگهانی
در حالیکه سال ۶۸، او به پایان دوره ریاست جمهوری اش نزدیک می شد مرگ آیت الله خمینی و دوستی رییس خامنه ای با هاشمی رفسنجانی به دادش رسید.
روایت ها حکایت از آن داشت که خمینی به نزدیکانش توصیه کرده بود شورایی تشکیل شود تا عهده دار امور رهبری شود اما اکبر هاشمی رفسنجانی که آن روزها همزمان با ریاست مجلس، عضو مجلس خبرگان هم بود، در جلسه انتخاب رهبر، روایتی را نقل کرد که بر تصمیم اعضای مجلس خبرگان رهبری تاثیر گذاشت.
او ابتدا استدلال کرد که شورای رهبری در شرایطی که نظام هنوز ضعیف است، موجب تضعیف بیشتر نظام می شود. بعد روایتی با واسطه از آیت الله خمینی نقل کرد که رهبری به قامت علی خامنه ای برازنده است.
تا ۱۴ خرداد ۶۸ از علی خامنه ای با مقام مذهبی «حجت الاسلام والمسلمین» یاد می شد اما بعد از رای مجلس خبرگان رهبری، او به نام آیت الله خامنه ای، رهبر جمهوری اسلامی شد.