Neposredno prije nego što je flotila trebala isploviti iz Turske u Gazu u petak sa 5.000 tona pomoći, iznenadna inspekcija Međunarodnog registra brodova Gvineje Bisau rezultirala je uklanjanjem zastava sa dva broda Flotile slobode.
U saopštenju za javnost Koalicije flotile slobode opisano je ukidanje registra plovila kao "očigledno politički potez", dodajući: "Bez zastave ne možemo ploviti".
Organizatori su okrivili Izrael za pritisak da spriječi flotilu. "Očigledno je, a mislim da je to javno poznato, da je postojao bliski kontakt između Izraela i predsjednika Gvineje Bisao", rekao je organizator i član upravnog odbora Torstein Dahle za AP, bez detaljnijeg objašnjenja.
On je rekao da je stotine turskih i međunarodnih učesnika razočarano otkazivanjem. "Nama je jako teško, jer je potrebno vrijeme da se nabavi zastava. To je procedura koja se ne može obaviti za nekoliko dana... Ali mi ne odustajemo."
Koalicija Freedom Flotilla uključuje turske i međunarodne organizacije, među kojima su IHH (Fondacija za humanitarnu pomoć) i Udruženje Mavi Marmara iz Turske, koje je također organiziralo nesrećnu flotilu iz 2010. godine.
Izraelski komandosi su 31. maja 2010. upali na Mavi Marmara u međunarodnim vodama, što je dovelo do svađe u kojoj je devet ljudi poginulo, a desetine aktivista ranjeno. Na izraelskoj strani, sedam vojnika ranili su aktivisti koji su ih napali palicama, noževima i cijevima.
